• Basic information
• Learning outcomes
• Contents
• Assessment
• Workload

Learning outcomes

Upon successful completion of this course, students will be able to:

1. Describe the differences between embryonic stem cells and induced pluripotent stem cells.

   Contribution to Program Outcomes

   1. Biyoteknolojinin kapsamını, temellerini, uygulama alanlarını ve diğer bilim dallarıyla ilişkilerini kavramış olmak
   2. Biyoteknoloji alanındaki bilgi ve becerilerini iş dünyasında kullanabilmek
   3. Biyoteknoloji alanında yeniliklere açık olmak ve uluslararası düzeyde yenilikleri yakından takip edebilmek
   4. Günümüz bilim ve iş dünyasında ihtiyaç duyulan iletişim becerilerine sahip olmak ve yazışma, tartışma, raporlama ve sunu tekniklerini en iyi şekilde uygulayabilmek
   5. Biyoteknoloji alanında akademik dünya ile iş dünyası arasında köprü olabilmek ve üniversite-sanayi işbirliklerinin kurulup geliştirilmesini sağlayabilmek

   Method of assessment

   1. Oral exam
   2. Homework assignment
   3. Term paper
2. Apply gene targeting, knockout and knockin strategies

   Contribution to Program Outcomes

   1. Biyoteknolojinin kapsamını, temellerini, uygulama alanlarını ve diğer bilim dallarıyla ilişkilerini kavramış olmak
   2. Sanayinin Ar-Ge faaliyetleri için gerekli teorik ve deneysel bilgi birikimine sahip olmak
   3. Biyoteknoloji alanındaki bilgi ve becerilerini iş dünyasında kullanabilmek
   4. Biyoteknoloji alanında girişimci olabilmek ve/veya yeni girişimlere gerek bilimsel ve teknik gerekse yönetsel katkı sağlayabilmek
   5. Biyoteknoloji alanında hem Türkçe’yi hem de İngilizce’yi üst düzeyde kullanabilmek
   6. Biyoteknoloji ile ilgili ulusal ve uluslararası mevzuat ve etik ilkeler çerçevesinde iş yapabilmek

   Method of assessment

   1. Oral exam
   2. Homework assignment
   3. Term paper
3. Knowledge of the application models of the Nobel Prize-winning CRISPR/Cas9 method

   Contribution to Program Outcomes

   1. Biyoteknolojinin kapsamını, temellerini, uygulama alanlarını ve diğer bilim dallarıyla ilişkilerini kavramış olmak
   2. Türkiye’de ve dünyada biyoteknoloji sektörünü tanımak, sektörün ihtiyaçlarını, fırsatlarını ve sorunlarını bilmek
   3. Biyoteknolojide sektörün ihtiyaçlarını giderebilecek ve sorunlarını çözebilecek yaklaşımlar geliştirebilmek ve Ar-Ge faaliyetleri yürütebilmek
   4. Biyoteknoloji alanında yeniliklere açık olmak ve uluslararası düzeyde yenilikleri yakından takip edebilmek

   Method of assessment

   1. Oral exam
   2. Homework assignment
   3. Term paper
4. Describe strategies for the creation of transgenic animals in biotechnology and disease modeling

   Contribution to Program Outcomes

   1. Biyoteknolojinin kapsamını, temellerini, uygulama alanlarını ve diğer bilim dallarıyla ilişkilerini kavramış olmak
   2. Sanayinin Ar-Ge faaliyetleri için gerekli teorik ve deneysel bilgi birikimine sahip olmak
   3. Biyoteknolojide sektörün ihtiyaçlarını giderebilecek ve sorunlarını çözebilecek yaklaşımlar geliştirebilmek ve Ar-Ge faaliyetleri yürütebilmek
   4. Biyoteknoloji alanında yeniliklere açık olmak ve uluslararası düzeyde yenilikleri yakından takip edebilmek
   5. Biyoteknoloji ile ilgili ulusal ve uluslararası mevzuat ve etik ilkeler çerçevesinde iş yapabilmek

   Method of assessment

   1. Oral exam
   2. Homework assignment
   3. Seminar/presentation
5. Somatic cell nuclear transfer and animal cloning; genetic analysis of offspring

   Contribution to Program Outcomes

   1. Tez konusu ile ilgili biyoteknoloji alanında (sağlık biyoteknolojisi, bitki biyoteknolojisi, endüstriyel biyoteknoloji veya sentetik ve sistem biyoteknolojisi) üst düzey ve güncel bilgilere sahip olmak
   2. Biyoteknolojide sektörün ihtiyaçlarını giderebilecek ve sorunlarını çözebilecek yaklaşımlar geliştirebilmek ve Ar-Ge faaliyetleri yürütebilmek
   3. Biyoteknoloji alanında yeniliklere açık olmak ve uluslararası düzeyde yenilikleri yakından takip edebilmek
   4. Günümüz bilim ve iş dünyasında ihtiyaç duyulan iletişim becerilerine sahip olmak ve yazışma, tartışma, raporlama ve sunu tekniklerini en iyi şekilde uygulayabilmek

   Method of assessment

   1. Seminar/presentation
6. Knowledge of ethical approaches to regenerative medicine; 3D culture systems, stem cell biology and genome editing

   Contribution to Program Outcomes

   1. Türkiye’de ve dünyada biyoteknoloji sektörünü tanımak, sektörün ihtiyaçlarını, fırsatlarını ve sorunlarını bilmek
   2. Sanayinin Ar-Ge faaliyetleri için gerekli teorik ve deneysel bilgi birikimine sahip olmak
   3. Biyoteknoloji alanındaki bilgi ve becerilerini iş dünyasında kullanabilmek
   4. Biyoteknoloji alanında yeniliklere açık olmak ve uluslararası düzeyde yenilikleri yakından takip edebilmek
   5. Biyoteknoloji alanında akademik dünya ile iş dünyası arasında köprü olabilmek ve üniversite-sanayi işbirliklerinin kurulup geliştirilmesini sağlayabilmek

   Method of assessment

   1. Term paper

Contents
Week 1:	Week 1: Introduction to Genome Editing and Stem Cells Overview of genome editing: history and evolution Introduction to stem cell types and their relevance to genome editing
Week 2:	Week 2: Gene Targeting: Knockout and Knockin Models Gene targeting basics Methods for generating knockout and knockin models Research applications of gene targeting
Week 3:	Week 3: Genome Editing Nucleases - ZFNs, TALENs, and CRISPR/Cas9 Mechanisms and differences among ZFNs, TALENs, and CRISPR/Cas9 Pros and cons of each technology
Week 4:	Week 4: CRISPR/Cas9 in Detail Function of the CRISPR/Cas9 system, Cas9, and guide RNA Applications and current research uses of CRISPR/Cas9
Week 5:	Week 5: Genome Editing in Somatic Cells and Stem Cells Techniques and challenges in editing somatic cells and stem cells Therapeutic potential and disease modeling
Week 6:	Week 6: Development and Applications of Transgenic Animals Generating transgenic animals with genome editing Case studies in disease modeling using transgenic animals
Week 7:	Week 7: Midterm Exam
Week 8:	Week 8: Somatic Cell Nuclear Transfer (SCNT) and Cloning Principles of SCNT and cloning techniques Applications and ethical considerations
Week 9:	Week 9: Genetic Analysis of Offspring and Inheritance Techniques for genetic analysis in modified organisms Implications for trait inheritance and disease research
Week 10:	Week 10: Regenerative Medicine and Stem Cell Therapies Applications of stem cells in regenerative medicine Challenges and future directions in stem cell-based therapies
Week 11:	Week 11: 3D Culture Systems and Organoids Overview and benefits of 3D cultures and organoids Applications in research, drug testing, and regenerative medicine
Week 12:	Week 12: Ethical, Legal, and Social Issues in Genome Editing Bioethical and societal implications of genome editing Regulatory concerns and policies
Week 13:	Week 13: Advanced Genome Editing Strategies and Emerging Trends Current and experimental strategies in genome editing Overview of future challenges and directions in the field
Week 14:	Week 14: Course Recap and Student Presentations Summary of course concepts Student presentations on chosen research topics related to genome editing strategies
Week 15*:	Week 14: Course Recap and Student Presentations Summary of course concepts Student presentations on chosen research topics related to genome editing strategies
Week 16*:	Week 14: Final
Textbooks and materials:	Genome Editing: A Practical Guide to Research and Clinical Applications
Recommended readings:	Genome Editing: A Practical Guide to Research and Clinical Applications
	* Between 15th and 16th weeks is there a free week for students to prepare for final exam.

Assessment
Method of assessment	Week number	Weight (%)
Mid-terms:		0
Other in-term studies:		0
Project:	8	30
Homework:	2, 5	20
Quiz:		0
Final exam:	16	50
	Total weight:	(%)

Workload
Activity	Duration (Hours per week)	Total number of weeks	Total hours in term
Courses (Face-to-face teaching):	3	14
Own studies outside class:	8	14
Practice, Recitation:	0	0
Homework:	6	2
Term project:	10	2
Term project presentation:	2	1
Quiz:	0	0
Own study for mid-term exam:	0	0
Mid-term:	0	0
Personal studies for final exam:	0	0
Final exam:	0	0
		Total workload:
		Total ECTS credits:	*
	* ECTS credit is calculated by dividing total workload by 25. (1 ECTS = 25 work hours)