• Temel bilgiler
• Öğrenme çıktıları
• İçerik
• Değerlendirme
• İş yükü

Öğrenme çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

1. Sistem biyolojisinin deneysel kısmını oluşturan genom ölçekli verilerin elde edilme tekniklerinin detaylarını tanımlamak

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyomühendislik uygulamalarına temel oluşturan biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların öğrenilmesi
   2. Yeni uygulama metotların geliştirilmesini sağlayan araştırma metotlarının öğrenilmesi
   3. Matematiksel analiz ve modelleme metodlarını biyomühendislik tasarım ve üretim süreçlerine uygulayabilme yetisi

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
   3. Dönem projesi
2. İstatistik ve Veri Madenciliği alanındaki başlıca yöntemlerin bir programlama platformu aracılığıyla biyolojik verilere uygulamak

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların topluma faydalı olacak yeni uygulamalara dönüştürme becerisi
   2. Matematiksel analiz ve modelleme metodlarını biyomühendislik tasarım ve üretim süreçlerine uygulayabilme yetisi

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
   3. Dönem projesi
3. Hücresel ağyapı tiplerinin biyolojik temellerini tanımlamak

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyomühendislik uygulamalarına temel oluşturan biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların öğrenilmesi
   2. Biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların topluma faydalı olacak yeni uygulamalara dönüştürme becerisi

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
   3. Dönem projesi

İçerik
1. hafta:	- Sistem biyolojisinin temelleri : Temel kavramlar - DNA (kromozom, gen, gen yazılımı kavramları), protein sentezi ve katlanması olayları
2. hafta:	Hücredeki yolizlerine genel bakış : Metabolik tepkime ağları, Sinyal ileti ağları, Gen-kontrol ağları
3. hafta:	Hücresel ağyapılar ve Çizge Kuramı, Cytoscape yazılımının kullanımı Quiz I
4. hafta:	Genom bilimlerinde deneysel teknikler I: Genom ve transkriptom verilerini deneysel ölçme yöntemleri Ödev I
5. hafta:	Genom bilimlerinde deneysel teknikler II: Proteom, metabolom, flaksom ve interaktom verilerini deneysel ölçme yöntemleri
6. hafta:	Ham Omik verilerinin ön-işleme aşamalarında hesaplamalı yöntemler Ödev II Quiz 2
7. hafta:	İstatistiksel anlam testleri I: Parametrik ve parametrik-olmayan anlam testleri (t-test, u-test), ROC Eğrileri
8. hafta:	İstatistiksel anlam testleri II: Gene Expression Omnibus (GEO) veritabanının R ile kullanımı, Gen Ontolojisi (GO) Analizi Ödev 3
9. hafta:	- Benzerlik testleri: Parametrik ve parametrik-olmayan benzerlik testleri - Kümeleme yöntemleri Quiz 3
10. hafta:	Yönlendirmesiz boyut küçültme teknikleri I: Temel Bileşenler Analizi yöntemine giriş Ödev 4
11. hafta:	Yönlendirmesiz boyut küçültme teknikleri II: Temel Bileşenler Analizi, Bağımsız Bileşenler Analizi, Genom-ölçekli verilere uygulamaları
12. hafta:	Yönlendirmeli boyut küçültme teknikleri: Fisher Discriminant Analizi, Destek Vektör Makineleri Ödev 5 Proje Konusunun Belirlenmesi Quiz 4
13. hafta:	Transkriptom verileri ve protein etkileşim ağları: Bütünleşik analiz yaklaşımları
14. hafta:	Transkriptom verileri ve protein etkileşim ağları: Ağyapı çıkarımı teknikleri Ödev 6 Arasınav
15. hafta*:	-
16. hafta*:	Proje sunumları
Ders kitapları ve materyaller:	Edda Klipp, Wolfram Liebermeister, Cristoph Wierling, Axel Kowald, Hans Lehrach, Ralf Herwig. “Systems Biology”, Wiley-Blackwell, 2nd edition, 2016.
Önerilen kaynaklar:	Brian P. Ingalls, "Mathematical Modeling in Systems Biology: An Introduction", The MIT Press, 2013
	* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.

Değerlendirme
Değerlendirme tipi	Hafta numarası	Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler):	14	20
Dönem içi diğer çalışmalar:		0
Proje:	12-16	20
Ödev:	4,6,8,10,12,14	35
Kısa sınav (Quiz):	3,5,7,9,11,13	25
Final sınavı:		0
	Toplam ağırlık:	(%)

İş yükü
Etkinlik	Süre (Haftalık saat)	Toplam hafta sayısı	Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme):	3	14
Ders dışı bireysel çalışma:	2	14
Uygulama, Rehberli problem çözme:	0	0
Ödev:	6	6
Dönem projesi:	10	1
Dönem projesi sunumu:	1	1
Kısa sınav (Quiz):	1	4
Ara sınav için bireysel çalışma:	8	1
Ara sınav (Vize):	1	1
Final sınavı için bireysel çalışma:	0	0
Final sınavı:	0	0
		Toplam işyükü:
		Toplam AKTS kredisi:	*
	* AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)