• Temel bilgiler
• Öğrenme çıktıları
• İçerik
• Değerlendirme
• İş yükü

Öğrenme çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

1. Proteinlerin üç boyutlu yapılarını bilimsel yazılımlar kullanarak görselleştirebilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyomühendislik uygulamalarına temel oluşturan biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların öğrenilmesi
   2. Endüstriyel ve bilimsel anlamda güncel biyomühendislik uygulamalarının öğrenilmesi
   3. Yeni uygulama metotların geliştirilmesini sağlayan araştırma metotlarının öğrenilmesi
   4. Biyomühendislik problemleri için süreç tasarlama, veri toplama ve sonuçları analiz edip yorumlama becerisi
   5. Biyomühendisliğin farklı alt dallarını analiz edip bağlantılandırarak yorumlama becerisi

   Değerlendirme Tipi

   1. Ödev
   2. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
2. Biyomoleküler simülasyon çıktılarının temel seviyede analizlerini yapabilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Endüstriyel ve bilimsel anlamda güncel biyomühendislik uygulamalarının öğrenilmesi
   2. Yeni uygulama metotların geliştirilmesini sağlayan araştırma metotlarının öğrenilmesi
   3. Matematiksel analiz ve modelleme metodlarını biyomühendislik tasarım ve üretim süreçlerine uygulayabilme yetisi

   Değerlendirme Tipi

   1. Ödev
   2. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
3. Protein-küçük moleküler etkileşimlerinin yapısal modellerini oluşturabilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların topluma faydalı olacak yeni uygulamalara dönüştürme becerisi
   2. Matematiksel analiz ve modelleme metodlarını biyomühendislik tasarım ve üretim süreçlerine uygulayabilme yetisi
   3. Sağlık ve tarım gibi sektörlerde biyomühendislik uygulamalarını yürütme ve geliştirme becerisi
   4. Biyomühendislik problemleri için süreç tasarlama, veri toplama ve sonuçları analiz edip yorumlama becerisi

   Değerlendirme Tipi

   1. Ödev
   2. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
4. Sanal tarama yöntemini kullanarak, ilaç adayı olabilecek küçük molekülleri belirleyebilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Endüstriyel ve bilimsel anlamda güncel biyomühendislik uygulamalarının öğrenilmesi
   2. Yeni uygulama metotların geliştirilmesini sağlayan araştırma metotlarının öğrenilmesi
   3. Biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların topluma faydalı olacak yeni uygulamalara dönüştürme becerisi
   4. Matematiksel analiz ve modelleme metodlarını biyomühendislik tasarım ve üretim süreçlerine uygulayabilme yetisi
   5. Biyomühendisliğin farklı alt dallarını analiz edip bağlantılandırarak yorumlama becerisi
   6. Farklı disiplinlerden edinilen bilgilerin uygulamalarda etkin olarak bütünleştirilebilmesi

   Değerlendirme Tipi

   1. Ödev
   2. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
5. Hesaplamalı yöntemlerle yapı ve ligand temelli ilaç keşfinde kullanılan temel kavramları tanımlayabilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyomühendislik uygulamalarına temel oluşturan biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların öğrenilmesi
   2. Endüstriyel ve bilimsel anlamda güncel biyomühendislik uygulamalarının öğrenilmesi
   3. Yeni uygulama metotların geliştirilmesini sağlayan araştırma metotlarının öğrenilmesi

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav

İçerik
1. hafta:	İlaç keşfi ve geliştirmeye giriş
2. hafta:	Bilgisayar destekli ilaç tasarımının temelleri
3. hafta:	Kimya ve biyoenformatik veri tabanlarına giriş
4. hafta:	ChEMBL ve Protein Veri Bankasının programatik olarak sorgulanması
5. hafta:	İkili bileşik benzerliklerine göre moleküler filtreleme Ödev I
6. hafta:	Maksimum ortak alt yapı yöntemi
7. hafta:	Yapay öğrenme yöntemleri ile ligand bazlı tarama Ödev II
8. hafta:	Ligand bazlı farmakofor modelleri Ara Sınav
9. hafta:	İlaç adayları ve protein yapıları arasındaki etkileşimlerin moleküler yanaştırma simülasyonları ile tahmin edilmesi Ödev III
10. hafta:	Protein-ligand etkileşimlerinin görselleştirilmesi ve analizi
11. hafta:	Docking bazlı sanal tarama
12. hafta:	Protein dinamiği: moleküler dinamik simülasyonları (hazırlık ve yürütme)
13. hafta:	Moleküler dinamik simülasyon gidişizlerinin analizi
14. hafta:	Proje sunumları
15. hafta*:	-
16. hafta*:	Final sınavı
Ders kitapları ve materyaller:	Textbooks: G. Petsko, Ringe, D., Protein Structure and Function, 2003, Wiley-Blackwell A. Leach, Molecular Modeling: Principles and Applications, 2nd Ed., 2002, Pearson N. Ben-Tal, Kessel, A., Introduction to Proteins: Structure, Function, and Motion, Second Edition, 2018, CRC Press K. Merz, D. Ringe, C.H. Reynolds (ed.), Drug Design: Structure- and Ligand-Based Approaches, 2010, Cambridge University Press Other tutorials and papers
Önerilen kaynaklar:	A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, Textbook of Structural Biology, 2009, WSPC I. Bahar, R. L. Jernigan, Protein Actions: Principles and Modeling, 2017, Garland Science
	* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.

Değerlendirme
Değerlendirme tipi	Hafta numarası	Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler):	8	20
Dönem içi diğer çalışmalar:		0
Proje:	14	20
Ödev:	5, 7, 9	20
Kısa sınav (Quiz):		0
Final sınavı:	16	40
	Toplam ağırlık:	(%)

İş yükü
Etkinlik	Süre (Haftalık saat)	Toplam hafta sayısı	Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme):	3	13
Ders dışı bireysel çalışma:	2	14
Uygulama, Rehberli problem çözme:	0	0
Ödev:	2	3
Dönem projesi:	3	5
Dönem projesi sunumu:	1	3
Kısa sınav (Quiz):	0	0
Ara sınav için bireysel çalışma:	3	5
Ara sınav (Vize):	2	1
Final sınavı için bireysel çalışma:	3	5
Final sınavı:	2	1
		Toplam işyükü:
		Toplam AKTS kredisi:	*
	* AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)