Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi doktora programını başarıyla tamamlayan öğrenciler, temel olarak akademisyenlik ve ileri düzey araştırmacı pozisyonlarında görev alabilirler. Ayrıca, ülkemizde ve dünyada giderek artan biyoinformatik uzmanı ihtiyacına paralel olarak yurtiçinde ve yurtdışında özel şirketlerin ve araştırma kurumlarının ArGe bölümlerinde üst düzey pozisyonlarda çalışabilirler.