Dereceye yönelik koşullarla aynıdır.  Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi Doktora programından doktora derecesi almak için, Gebze Teknik Üniversitesi Lisansüstü Eğitim-Öğretim Yönetmeliği’nin beşinci bölüm, kırkaltıncı maddesi uyarınca toplam 21 krediden az olmamak koşulu ile en az 7 ders, 1 seminer dersi (kredisiz), 1 bilimsel araştırma teknikleri ve yayın etiği dersi (kredisiz) ve öğrencinin yeterlilik sınavını geçtiği yarıyıldan itibaren her yarıyıl kendi tez danışmanınca açılan uzmanlık alan dersinin (tez dersi) alınması gerekir.