Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi doktora programı, ileri biyoinformatik ve sistem biyolojisi yöntemlerini kullanabilen, bu yöntemleri kanser, nörolojik hastalıklar gibi farklı problemlere uygulayabilecek şekilde programlama becerisi gelişmiş mezunlar yetiştirmeyi amaçlamaktadır. Programda, genom, transkriptom, proteom gibi multi-omik verilerin işlenmesi ve analizi, protein yapıları kullanılarak yenilikçi ilaçların keşfi gibi güncel konularda hesaplamalı analizler yapabilmeye olanak sağlayan bir ders müfredatı uygulanmaktadır. Öğrencilerin, program kapsamında gerçekleştirecekleri doktora tez çalışması sayesinde, analitik düşünme becerisi kazanarak biyolojik verilerin analizi ve yorumlanmasını başarıyla yürütebilmesine ve tez araştırmalarında karşılaştığı problemleri çözebilme becerisi kazanmasına önem verilmektedir.