ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE

Ders Bilgi Formu ( BSB 501 )

   Temel bilgiler
Ders adı: Biyolojide Programlama
Ders kodu: BSB 501
Öğretim üyesi: Dr. Öğr. Üyesi Pınar PİR
AKTS kredisi: 7.5
GTÜ kredisi: 0 (3+0+0)
Yılı, Dönemi: 1/2, Güz ve Bahar
Dersin düzeyi: Yüksek lisans
Dersin tipi: Bilimsel hazırlık
Öğretim dili: İngilizce
Öğretim şekli: Yüz yüze
Ön koşullar: yok
Staj durumu: Yok
Dersin amacı: Bu ders, biyoinformatik alanında çalışmak isteyen lisansüstü öğrencilerine temel bilgisayar programlama tekniklerinin Python dili üzerinden öğretilmesini hedeflemektedir. Birbirini tamamlayan ders ve laboratuar uygulamalarından oluşur.
   Öğrenme çıktıları Yukarı

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

  1. Biyolojik verilere ait dosyaları Python'la işleyebilmek

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
    2. Genom ölçekli biyolojik verileri istatistiksel yöntemlerle ve veri madenciliği yöntemleriyle analiz ederek anlamlandırılmak
    3. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  2. Python kullanarak biyolojik verilere temel istatistiksel ve optimizasyon-tabanlı analizler uygulayabilmek

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
    2. Genom ölçekli biyolojik verileri istatistiksel yöntemlerle ve veri madenciliği yöntemleriyle analiz ederek anlamlandırılmak
    3. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
    4. Hücrenin çalışma prensiplerini anlamada biyoinformatik ve sistem biyolojisi bakış açısının önemini kavramak

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  3. Farklı yazılımları, programlama arayüzleri aracılığıyla birlikte kullanabilmek

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Genom ölçekli biyolojik verileri istatistiksel yöntemlerle ve veri madenciliği yöntemleriyle analiz ederek anlamlandırılmak
    2. Mevcut bilgiyi geliştirme yöntemleri bulmak

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
   İçerik Yukarı
1. hafta: Bilgisayar programlamaya ve Python diline giriş
2. hafta: String ve List veri türlerinin kullanımı
Ödev1
3. hafta: If - elif - else yapısının kullanımı
4. hafta: While ve For döngülerinin kullanımı
Ödev2
5. hafta: If - elif - else yapılarının döngüler içerisinde kullanımı
6. hafta: Python'da indeksleme teknikleri
Ödev3
Ara sınav I
7. hafta: Python'da diğer veri türleri (dictionary, set, tuple)
8. hafta: Nesne tabanlı programlamanın temelleri
Ödev4
9. hafta: Fonksiyon yazımı ve kullanımı
10. hafta: Modül yazımı ve kullanımı
Ödev5
11. hafta: Dosyalardan veri okunması ve yazılması
Ara Sınav II
12. hafta: Grafik çizimleri
Ödev6
13. hafta: Numpy paketi ve array veri türü
14. hafta: Scipy paketi kullanımı
Ödev7
15. hafta*: -
16. hafta*: Final sınavı
Ders kitapları ve materyaller: 1. Ders notları ve Jupyter defterleri

2. Amos D., Bader D., Jablonski J. ve Heisler F., "Python Basics: A Practical Introduction to Python 3", Real Python Yayınevi, 2021.
Önerilen kaynaklar: https://pythonforbiologists.com/
  * 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.
Değerlendirme Yukarı
Değerlendirme tipi Hafta numarası Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler): 6,11 40
Dönem içi diğer çalışmalar: 0
Proje: 0
Ödev: 2,4,7,9,11 30
Kısa sınav (Quiz): 0
Final sınavı: 16 30
  Toplam ağırlık:
(%)
   İş yükü Yukarı
Etkinlik Süre (Haftalık saat) Toplam hafta sayısı Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme): 3 14
Ders dışı bireysel çalışma: 4 14
Uygulama, Rehberli problem çözme: 0 0
Ödev: 8 6
Dönem projesi: 0 0
Dönem projesi sunumu: 0 0
Kısa sınav (Quiz): 0 0
Ara sınav için bireysel çalışma: 20 2
Ara sınav (Vize): 2 2
Final sınavı için bireysel çalışma: 0 0
Final sınavı: 2 1
    Toplam işyükü:
    Toplam AKTS kredisi:
*
  * AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)
-->