• Temel bilgiler
• Öğrenme çıktıları
• İçerik
• Değerlendirme
• İş yükü

Öğrenme çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

1. DNA ve protein dizilerini karşılaştırma

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
   2. Hücrenin çalışma prensiplerini anlamada biyoinformatik ve sistem biyolojisi bakış açısının önemini kavramak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
2. Gen anotasyonu ve tahmin algoritmalarını kullanarak genom analizi gerçekleştirme

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
   2. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
   3. Modern teknolojiyle sürekli öğrenme bilinci geliştirmek

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
3. Protein yapılarının tahmini ve proteinlerin karşılaştırılması konularında pratik kazanmak

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
   2. Hastalık ve sağlıkta hücre mekanizmalarında gerçekleşen değişiklikleri biyoinformatik ve sistem biyolojisi bakış açısıyla tanımlamak
   3. Mevcut bilgiyi geliştirme yöntemleri bulmak
   4. Hücrenin çalışma prensiplerini anlamada biyoinformatik ve sistem biyolojisi bakış açısının önemini kavramak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
4. Biyolojik verilerle ilgili yaygın veritabanlarının yapısı ve kullanımı konularında uygulamalı olarak bilgi edinmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
   2. Modern teknolojiyle sürekli öğrenme bilinci geliştirmek

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
5. Ağyapı biyoinformatiğinin temellerini öğrenmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
   2. Hücresel ağyapılara dayalı modelleme tekniklerini kullanabilmek
   3. Biyomolekül etkileşimlerine dayalı problemleri mühendislik bakış açısıyla programlayabilmek ve çözümlemek
   4. Hücrenin çalışma prensiplerini anlamada biyoinformatik ve sistem biyolojisi bakış açısının önemini kavramak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev

İçerik
1. hafta:	Biyoinformatiğin tanımı, tarihçesi ve önemi Biyolojik veritabanlarına ve biyoinformatik araçlara giriş
2. hafta:	Veritabanları ve araçlar I: NCBI araçları, EBI araçları, Moleküler etkileşim veritabanları Ödev I
3. hafta:	Veritabanları ve araçlar II: Nükleik asit dizi veritabanları, Genom veritabanları, Protein dizi veritabanları Ödev II
4. hafta:	Dizi Analizi I: Karşılaştırmalı genomik, Hizalama, BLAST algoritması ve türevleri
5. hafta:	Dizi Analizi II: Dizi arama ve Dizi motifleri Genom Analizi I: Genom dizileme Ödev III
6. hafta:	Genom Analizi II: Gen bulma ve anotasyonu Ödev IV
7. hafta:	Protein Biyoinformatiği I: PDB veritabanı, Protein yapıları, İkincil protein yapılarının tahmini Quiz I
8. hafta:	Protein Biyoinformatiği II: Protein bağlanma bölgeleri, Protein motifleri, Proteinlerin yapısal hizalanması Ödev V
9. hafta:	Protein Biyoinformatiği III: Protein modelleme yöntemleri (Homoloji modellemesi, Kenetlenme analizi) Ödev VI
10. hafta:	Protein Biyoinformatiği IV: İlaç keşfi Quiz II
11. hafta:	Veritabanları ve araçlar III: Transkriptom, Proteom, Metabolom veritabanları
12. hafta:	Veritabanları ve araçlar IV: Gen ontolojileri, KEGG, DAVID, BioCyc, ENTREZ, ExPASy Ödev VII
13. hafta:	Ağyapı Biyoinformatiği I: Metabolik ağyapılar, Metabolik yolak hizalaması Quiz III
14. hafta:	Ağyapı Biyoinformatiği II: Gen regulasyon ağyapıları, Protein ağyapıları Ödev VIII
15. hafta*:	Genel Değerlendirme
16. hafta*:	Final Sınavı
Ders kitapları ve materyaller:	1. A. Lesk, "Introduction to Bioinformatics", Oxford University Press, 4th Edn., 2014 2. M. Zvelebil, J. O. Baum, "Understanding Bioinformatics" Garland Science, 2007
Önerilen kaynaklar:	1. G.B. Singh, "Fundamentals of Bioinformatics and Computational Biology: Methods and Exercises in MATLAB", Springer, 2015 2. J. Ramsden, "Bioinformatics: An Introduction", Springer, 3rd Edn., 2015
	* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.

Değerlendirme
Değerlendirme tipi	Hafta numarası	Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler):		0
Dönem içi diğer çalışmalar:		0
Proje:		0
Ödev:	2, 3, 5, 6, 8, 9, 12, 14	40
Kısa sınav (Quiz):	7, 10, 13	30
Final sınavı:	16	30
	Toplam ağırlık:	(%)

İş yükü
Etkinlik	Süre (Haftalık saat)	Toplam hafta sayısı	Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme):	3	14
Ders dışı bireysel çalışma:	6	14
Uygulama, Rehberli problem çözme:	2	1
Ödev:	5	8
Dönem projesi:	0	0
Dönem projesi sunumu:	0	0
Kısa sınav (Quiz):	1	3
Ara sınav için bireysel çalışma:	0	0
Ara sınav (Vize):	0	0
Final sınavı için bireysel çalışma:	10	1
Final sınavı:	3	1
		Toplam işyükü:
		Toplam AKTS kredisi:	*
	* AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)