• Temel bilgiler
• Öğrenme çıktıları
• İçerik
• Değerlendirme
• İş yükü

Öğrenme çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

1. Biyolojik makromolekül yapılarının dinamik davranışının benzetimi için kullanılan hesaplamalı yöntemleri arasından amaca uygun olarak seçim yapabilmek.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
   2. Biyomolekül etkileşimlerine dayalı problemleri mühendislik bakış açısıyla programlayabilmek ve çözümlemek
   3. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
   4. Modern teknolojiyle sürekli öğrenme bilinci geliştirmek

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
2. Biyolojik makromolekül yapılarının dinamik davranışının benzetimi için kullanılan yazılımları kullanabilmek.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
   2. Biyomolekül etkileşimlerine dayalı problemleri mühendislik bakış açısıyla programlayabilmek ve çözümlemek

   Değerlendirme Tipi

   1. Ödev
3. Biyolojik makromoleküllerin dinamik davranışının benzetiminde kullanılan yöntemleri listelemek.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanlarındaki temel ve ileri düzey kavramları tanımlamak ve uygulamak
   2. Biyomolekül etkileşimlerine dayalı problemleri mühendislik bakış açısıyla programlayabilmek ve çözümlemek
   3. Araştırma konusu ile ilgili fikir ve bulgularını sözlü ve yazılı olarak etkin şekilde ifade edebilmek

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav

İçerik
1. hafta:	Protein yapısı, katlanması, işlevi ve dinamiği
2. hafta:	Biyomoleküler dinamik benzetim yöntemlerine giriş
3. hafta:	Hareket denklemleri ve moleküler mekanik kuvvet alanları Ödev 1
4. hafta:	Biyomoleküller için klasik moleküler dinamik benzetimi
5. hafta:	Biyomoleküller için Monte Carlo benzetimi Ödev 2
6. hafta:	Biyomoleküler benzetim gidişizlerinin temel dinamik analizleri
7. hafta:	Biyomoleküler benzetim gidişizlerinin ağ analizi Ödev 3
8. hafta:	Kolaylaştırılmış örnekleme yöntemleri
9. hafta:	Yönlendirilmiş moleküler dinamik benzetimi Ödev 4
10. hafta:	Serbest enerji hesaplama yöntemleri ve şemsiye örneklemesi Dönem projesi
11. hafta:	Membran proteinlerinin moleküler dinamik benzetimi Dönem projesi
12. hafta:	Elastik ağ yapı modelleri Dönem projesi
13. hafta:	Moleküler dinamik benzetimi örnekleri Dönem projesi
14. hafta:	İlaç tasarımında moleküler dinamik benzetimi örnekleri Dönem projesi sunumları
15. hafta*:	-
16. hafta*:	Final sınavı
Ders kitapları ve materyaller:	Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes: From Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics, 2014, Ed: Adam Liwo Protein Actions: Principles and Modeling, 2017, Iver Bahar, Robert Jernigan, Ken A Dill
Önerilen kaynaklar:	Molecular Modelling: Principles and Applications, 2002, Andrew Leach
	* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.

Değerlendirme
Değerlendirme tipi	Hafta numarası	Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler):	3	0
Dönem içi diğer çalışmalar:		0
Proje:	10, 11, 12, 13, 14	40
Ödev:	3, 5, 7, 9	20
Kısa sınav (Quiz):		0
Final sınavı:	16	40
	Toplam ağırlık:	(%)

İş yükü
Etkinlik	Süre (Haftalık saat)	Toplam hafta sayısı	Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme):	3	14
Ders dışı bireysel çalışma:	3	14
Uygulama, Rehberli problem çözme:	2	6
Ödev:	6	4
Dönem projesi:	8	4
Dönem projesi sunumu:	1	1
Kısa sınav (Quiz):	0	0
Ara sınav için bireysel çalışma:	0	0
Ara sınav (Vize):	0	0
Final sınavı için bireysel çalışma:	4	8
Final sınavı:	3	1
		Toplam işyükü:
		Toplam AKTS kredisi:	*
	* AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)