ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE

Ders Bilgi Formu ( BSB 680 )


   Temel bilgiler
Ders adı: Sistem Biyolojisinde Güncel Konular
Ders kodu: BSB 680
Öğretim üyesi: Dr. Öğr. Üyesi Pınar PİR
AKTS kredisi: 7.5
GTÜ kredisi: 3 (3+0+0)
Yılı, Dönemi: 1, Güz ve Bahar
Dersin düzeyi: Doktora
Dersin tipi: Bölüm seçmeli
Öğretim dili: İngilizce
Öğretim şekli: Yüz yüze
Ön koşullar: yok
Staj durumu: Yok
Dersin amacı: Bu ders biyoinformatik ve sistem biyolojisi alanlarında yeni ortaya konmuş yöntem ve araçlar konusunda güncel bilgileri öğrencilere sunmayı amaçlamaktadır
   Öğrenme çıktıları Yukarı

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

  1. Biyoinformatik ve sistem biyolojisi alanlarında yeni ortaya konmuş yöntem ve araçları kulanabilme

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi kavramlarını uzmanlık derecesinde tanımlamak ve uygulamak
    2. Farklı disiplinlere ait kavramlar arasında bağlantı kurarak bu alanlardaki bilimsel araştırmaları yorumlayıp analiz etmek

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  2. Var olan araçları ve yöntemleri iyileştirecek yeni fikirler öne sürme

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi kavramlarını uzmanlık derecesinde tanımlamak ve uygulamak
    2. Farklı disiplinlere ait kavramlar arasında bağlantı kurarak bu alanlardaki bilimsel araştırmaları yorumlayıp analiz etmek
    3. Hızla değişen teknolojik çevreye adapte olabilmek için bilgi ve yetilerini sürekli geliştirmek

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  3. Yeni edindikleri becerileri kendi araştırma projelerinde uygulama

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi kavramlarını uzmanlık derecesinde tanımlamak ve uygulamak
    2. Farklı disiplinlere ait kavramlar arasında bağlantı kurarak bu alanlardaki bilimsel araştırmaları yorumlayıp analiz etmek
    3. Hızla değişen teknolojik çevreye adapte olabilmek için bilgi ve yetilerini sürekli geliştirmek

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
   İçerik Yukarı
1. hafta: Yeni nesil dizileme verilerinde normalizasyon ve boşluk doldurma yöntemleri
Ödev1
2. hafta: Kanser ve nadir hastalıklarda varyant analizi
Ödev2
3. hafta: Varyant analiz ve sınıflandırmasına makine öğrenmesi yöntemleri
Ödev3
4. hafta: Yeni nesil dizileme verisinde hata yapıları
Ödev4
5. hafta: TCGA verisi ve kanser araştırmalarında kullanım alanları
Ödev5
6. hafta: Genom ve RNAseq verilerinin klinikte kullanımı
Ödev6
7. hafta: Bölgesel transkriptom veri analizi
Ödev7
8. hafta: üç boyutlu doku modellemede PhysiCell kullanımı
Ödev8
9. hafta: scRNA verilerinin makina öğrenmesi ve derin öğrenme yöntemleri ile analizi
Ödev9
10. hafta: Kinetik modellemede rastgelelik içeren yöntemler
Ödev10
11. hafta: Genom ölçekli metabolik modellerin ilaç hedefi belirlemede kullanımı
Ödev11
12. hafta: Genom ölçekli metabolik modellemede makina öğrenmesi kullanımı
Ödev12
13. hafta: Trankriptom verisinin genom ölçekli metabolik modellerle birleştirilmesinde ileri yöntemler
Ödev13
14. hafta: Metabolom verisinin genom ölçekli metabolik modellerle birleştirilmesinde ileri yöntemler
Ödev14
15. hafta*: -
16. hafta*: Final
Ders kitapları ve materyaller: Güncel derleme ve araştırma makaleleri
Önerilen kaynaklar: Güncel derleme ve araştırma makaleleri
  * 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.
Değerlendirme Yukarı
Değerlendirme tipi Hafta numarası Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler): 0
Dönem içi diğer çalışmalar: 0
Proje: 0
Ödev: 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14 70
Kısa sınav (Quiz): 0
Final sınavı: 16 30
  Toplam ağırlık:
(%)
   İş yükü Yukarı
Etkinlik Süre (Haftalık saat) Toplam hafta sayısı Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme): 3 14
Ders dışı bireysel çalışma: 7 14
Uygulama, Rehberli problem çözme: 3 14
Ödev: 0 0
Dönem projesi: 0 0
Dönem projesi sunumu: 0 0
Kısa sınav (Quiz): 0 0
Ara sınav için bireysel çalışma: 0 0
Ara sınav (Vize): 0 0
Final sınavı için bireysel çalışma: 0 0
Final sınavı: 0 0
    Toplam işyükü:
    Toplam AKTS kredisi:
*
  * AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)
-->