• Temel bilgiler
• Öğrenme çıktıları
• İçerik
• Değerlendirme
• İş yükü

Öğrenme çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

1. Proteinlerde dizi-yapı ve işlev arasındaki ilişkilerin öğrenilmesi

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi kavramlarını uzmanlık derecesinde tanımlamak ve uygulamak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
2. Yapısal biyoenformatik yöntemlerinin protein dinamiği simülasyonları ve ilaç tasarımı için kullanımını anlama becerisi

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi kavramlarını uzmanlık derecesinde tanımlamak ve uygulamak
   2. Farklı disiplinlere ait kavramlar arasında bağlantı kurarak bu alanlardaki bilimsel araştırmaları yorumlayıp analiz etmek
   3. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
   4. Disiplinlerarası etkileşim bulunan araştırma takımlarında etkin şekilde çalışmak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Seminer/sunum
3. Yapısal biyoenformatik yöntemlerinin örnek uygulamalarını yorumlama ve aktarma yetisi

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Farklı disiplinlere ait kavramlar arasında bağlantı kurarak bu alanlardaki bilimsel araştırmaları yorumlayıp analiz etmek
   2. Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği
   3. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
   4. İletişim ve Sosyal Yetkinlik
   5. Araştırma bulgularını seminer ve konferanslarda savunabilmek

   Değerlendirme Tipi

   1. Seminer/sunum

İçerik
1. hafta:	Protein Yapılarına Giriş
2. hafta:	Proteinlerde Dizi-Yapı-İşlev ve Hareket İlişkileri
3. hafta:	Protein Yapı Tayininde Deneysel Yöntemler ve Protein Yapılarının Modellenmesi
4. hafta:	Protein Dinamiği Simülasyonları: Klasik Moleküler Dinamik Simülasyonları
5. hafta:	Yapı-Temelli İlaç Tasarımı: Moleküler Kenetlenme Simülasyonları ile Sanal Tarama
6. hafta:	Protein-protein Etkileşimlerinin Modellenmesi
7. hafta:	Protein-peptit Etkileşimlerinin Modellenmesi Ara Sınav
8. hafta:	Yapısal Biyoenformatikte Yapay Öğrenme
9. hafta:	Moleküler Dinamik Simülasyonlarında İleri Yöntemler: İyileştirilmiş Örnekleme ve Konformasyonel Geçiş Simülasyonları
10. hafta:	İlaç Tasarımında Moleküler Dinamik Simülasyonları
11. hafta:	Makromoleküler Kenetlenme Simülasyonlarında Güncel Konular
12. hafta:	Protein Yapıları Kullanılarak Patojenisite Tahmini
13. hafta:	Protein Yapı Modellenmesinde Güncel Konular
14. hafta:	Öğrenci Sunumları
15. hafta*:	-
16. hafta*:	Final Sınavı
Ders kitapları ve materyaller:	Introduction to Proteins: Structure, Function, and Motion, 2nd Ed., Amit Kessel & Nir Ben-Tal, CRC Press Protein Structure and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, 2003, Oxford University Press Protein Actions: Principles and Modeling, I. Bahar & R. L. Jernigan, 2017, Gardland Science
Önerilen kaynaklar:	Drug Design: Structure- and Ligand-based Approaches, 1st Ed., 2010, K. M. Merz, D. Ringe, C. H. Reynolds, Cambridge University Press
	* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.

Değerlendirme
Değerlendirme tipi	Hafta numarası	Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler):	7	20
Dönem içi diğer çalışmalar:		0
Proje:	14	50
Ödev:		0
Kısa sınav (Quiz):		0
Final sınavı:	16	30
	Toplam ağırlık:	(%)

İş yükü
Etkinlik	Süre (Haftalık saat)	Toplam hafta sayısı	Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme):	2	11
Ders dışı bireysel çalışma:	6	6
Uygulama, Rehberli problem çözme:	0	0
Ödev:	0	0
Dönem projesi:	12	6
Dönem projesi sunumu:	4	1
Kısa sınav (Quiz):	0	0
Ara sınav için bireysel çalışma:	4	6
Ara sınav (Vize):	3	1
Final sınavı için bireysel çalışma:	4	5
Final sınavı:	4	1
		Toplam işyükü:
		Toplam AKTS kredisi:	*
	* AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)