• Basic information
• Learning outcomes
• Contents
• Assessment
• Workload

Learning outcomes

Upon successful completion of this course, students will be able to:

1. Identify and describe sources of stem cells and methods to characterize them.

   Contribution to Program Outcomes

   1. Başta biyoloji olmak üzere ilgili temel bilimlerde ve mühendislik alanlarında sağlam bir altyapıya sahip olmak
   2. Biyoteknoloji alanındaki bilgi ve becerilerini iş dünyasında kullanabilmek
   3. Biyoteknoloji alanında yeniliklere açık olmak ve uluslararası düzeyde yenilikleri yakından takip edebilmek
   4. Biyoteknoloji ile ilgili ulusal ve uluslararası mevzuat ve etik ilkeler çerçevesinde iş yapabilmek

   Method of assessment

   1. Term paper
2. Understand and apply key gene editing technologies in a clinical context.

   Contribution to Program Outcomes

   1. Tez konusu ile ilgili biyoteknoloji alanında (sağlık biyoteknolojisi, bitki biyoteknolojisi, endüstriyel biyoteknoloji veya sentetik ve sistem biyoteknolojisi) üst düzey ve güncel bilgilere sahip olmak
   2. Biyoteknolojide sektörün ihtiyaçlarını giderebilecek ve sorunlarını çözebilecek yaklaşımlar geliştirebilmek ve Ar-Ge faaliyetleri yürütebilmek
   3. Biyoteknoloji alanında yeniliklere açık olmak ve uluslararası düzeyde yenilikleri yakından takip edebilmek
   4. Biyoteknoloji alanında akademik dünya ile iş dünyası arasında köprü olabilmek ve üniversite-sanayi işbirliklerinin kurulup geliştirilmesini sağlayabilmek

   Method of assessment

   1. Term paper
3. Differentiate mesenchymal stem cells (MSCs), embryonic stem cells (ESCs), and induced pluripotent stem cells (iPSCs) into terminally differentiated cells.

   Contribution to Program Outcomes

   1. Başta biyoloji olmak üzere ilgili temel bilimlerde ve mühendislik alanlarında sağlam bir altyapıya sahip olmak
   2. Sanayinin Ar-Ge faaliyetleri için gerekli teorik ve deneysel bilgi birikimine sahip olmak
   3. Hem tek başına hem de ekip içerisinde kendisine verilen görev ve sorumlulukları mümkün olan en iyi şekilde ve zamanında yerine getirebilmek
   4. Biyoteknoloji alanında hem Türkçe’yi hem de İngilizce’yi üst düzeyde kullanabilmek
   5. Biyoteknoloji ile ilgili ulusal ve uluslararası mevzuat ve etik ilkeler çerçevesinde iş yapabilmek

   Method of assessment

   1. Term paper
4. Explain engraftment, xenografts, and allografts within regenerative medicine.

   Contribution to Program Outcomes

   1. Türkiye’de ve dünyada biyoteknoloji sektörünü tanımak, sektörün ihtiyaçlarını, fırsatlarını ve sorunlarını bilmek
   2. Biyoteknoloji alanında girişimci olabilmek ve/veya yeni girişimlere gerek bilimsel ve teknik gerekse yönetsel katkı sağlayabilmek
   3. Hem tek başına hem de ekip içerisinde kendisine verilen görev ve sorumlulukları mümkün olan en iyi şekilde ve zamanında yerine getirebilmek
   4. Biyoteknoloji alanında hem Türkçe’yi hem de İngilizce’yi üst düzeyde kullanabilmek
   5. Biyoteknoloji ile ilgili ulusal ve uluslararası mevzuat ve etik ilkeler çerçevesinde iş yapabilmek

   Method of assessment

   1. Term paper
5. Describe gene and nucleic acid-based delivery methods. Review and evaluate FDA-approved gene and stem cell therapies.

   Contribution to Program Outcomes

   1. Başta biyoloji olmak üzere ilgili temel bilimlerde ve mühendislik alanlarında sağlam bir altyapıya sahip olmak
   2. Biyoteknoloji alanındaki bilgi ve becerilerini iş dünyasında kullanabilmek
   3. Biyoteknoloji ile ilgili ulusal ve uluslararası mevzuat ve etik ilkeler çerçevesinde iş yapabilmek

   Method of assessment

   1. Term paper

Contents
Week 1:	Week 1: Introduction to Stem Cell Therapies Overview of stem cell therapy in medical biotechnology Basic definitions: stem cell types, potency, and clinical applications
Week 2:	Week 2: Sources of Stem Cells and Identification Techniques Sources: MSCs, ESCs, iPSCs, and adult stem cells Identification methods: cell surface markers, flow cytometry, and molecular profiling
Week 3:	Week 3: Gene Editing Technologies in Medical Biotechnology Overview of gene editing techniques: CRISPR/Cas9, TALENs, and ZFNs Applications of gene editing in stem cells and therapeutic interventions
Week 4:	Week 4: Differentiation of MSCs, ESCs, and iPSCs into Terminal Cells Differentiation pathways and protocols Applications of differentiated cells in therapy and research
Week 5:	Week 5: Engraftment and Regenerative Medicine Mechanisms of engraftment in regenerative therapies Tissue regeneration strategies and clinical outcomes
Week 6:	Week 6: Xenografts and Allografts in Research and Therapy Overview of xenograft and allograft use in stem cell research and therapy Challenges in transplantation and immune response
Week 7:	Mid-term
Week 8:	Week 8: Gene and Nucleic Acid-Based Delivery Systems Viral and non-viral delivery systems Comparison of delivery methods for therapeutic applications
Week 9:	Week 9: FDA-Approved Gene Therapies - Case Studies Overview of FDA-approved gene therapies (e.g., Luxturna, Zolgensma) Mechanism of action, therapeutic targets, and clinical outcomes
Week 10:	Week 10: FDA-Approved Stem Cell Therapies - Case Studies Review of FDA-approved stem cell-based therapies Clinical applications, efficacy, and case studies
Week 11:	Week 11: Challenges in Gene and Stem Cell Therapies Ethical, regulatory, and technical challenges Considerations in therapy design and patient outcomes
Week 12:	Week 12: Applications in Cancer Therapy Role of gene and stem cell therapies in oncology CAR-T cells and other gene-modified cell therapies in cancer treatment
Week 13:	Week 13: Future Directions in Gene and Stem Cell Therapies Emerging trends and technologies in regenerative medicine Potential breakthroughs and future research
Week 14:	Week 14: Course Summary and Student Presentations Recap of course topics Student presentations on chosen research or case studies in gene or stem cell therapies
Week 15*:	Term paper presentation
Week 16*:	Final
Textbooks and materials:	Gene and Cell Therapies (Pharmaceuticals, Health Economics and Market Access)
Recommended readings:	Makaleler
	* Between 15th and 16th weeks is there a free week for students to prepare for final exam.

Assessment
Method of assessment	Week number	Weight (%)
Mid-terms:
Other in-term studies:
Project:
Homework:
Quiz:
Final exam:
	Total weight:	(%)

Workload
Activity	Duration (Hours per week)	Total number of weeks	Total hours in term
Courses (Face-to-face teaching):
Own studies outside class:
Practice, Recitation:
Homework:
Term project:
Term project presentation:
Quiz:
Own study for mid-term exam:
Mid-term:
Personal studies for final exam:
Final exam:
		Total workload:
		Total ECTS credits:	*
	* ECTS credit is calculated by dividing total workload by 25. (1 ECTS = 25 work hours)