ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE

Ders Bilgi Formu ( BYM 415 )


   Temel bilgiler
Ders adı: Biyoinformatik Veri Analizi
Ders kodu: BYM 415
Öğretim üyesi: Prof. Dr. Tunahan ÇAKIR
AKTS kredisi: 5
GTÜ kredisi: 3 ()
Yılı, Dönemi: 4, Güz ve Bahar
Dersin düzeyi: Lisans
Dersin tipi: Bölüm seçmeli
Öğretim dili: İngilizce
Öğretim şekli: Yüz yüze
Ön koşullar: BENG 215 (en az DD)
Staj durumu: Yok
Dersin amacı: Ders, programlama dili kullanarak ileri biyoinformatik uygulamaları gerçekleştirmeye odaklanmaktadır.
   Öğrenme çıktıları Yukarı

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

  1. Transkriptomik ve genomik verisetlerini programlama ortamında işleyebilmek

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Yeni uygulama metotların geliştirilmesini sağlayan araştırma metotlarının öğrenilmesi
    2. Biyomühendislik problemleri için süreç tasarlama, veri toplama ve sonuçları analiz edip yorumlama becerisi

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  2. BioConductor paketler grubunu yetkin olarak kullanmak ve uygulamak

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Biyomühendislik problemleri için süreç tasarlama, veri toplama ve sonuçları analiz edip yorumlama becerisi

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  3. Biyoinformatik analiz sonuçlarını zengin bir görsellikle sunabilmek

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların topluma faydalı olacak yeni uygulamalara dönüştürme becerisi
    2. Biyomühendislik problemleri için süreç tasarlama, veri toplama ve sonuçları analiz edip yorumlama becerisi

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
   İçerik Yukarı
1. hafta: Programlama ortamında transkriptomik verileri tanımlama: vektörler, matrisler, listeler
2. hafta: Programlama ortamında transkriptomik verileri tanımlama: veriçerçevesi

Programlama ortamında transkriptomik verisetlerinin işlenmesi: Döngüler (if, for), Dosya okuma ve yazma, Grafik çizme fonksiyonlarının temelleri

Ödev
3. hafta: Grafik çizme fonksiyonları, Fonksiyon Yazma, Vektörel programlama yaklaşımı
4. hafta: Programlama ortamında hazır paketler kullanarak raporlar oluşturma

Quiz
5. hafta: Programlama ortamında hazır paketler kullanarak transkriptomik verinin hızlı ve kolay işlenmesi

Ödev
6. hafta: Transkriptomik verinin görselleştirilmesi
7. hafta: Bioconductor Veri Tipleri I- Genomik veri analizi için analiz paketleri

Quiz
8. hafta: R: Bioconductor Veri Tipleri II- Genomik ve transkriptomik veri analizleri için paketler

Ödev
9. hafta: Ara sınav 1

Programlama ortamında genomik anotasyon gerçekleştirme
10. hafta: Düzenli İfadeler- Temel fonksiyonlar, İleri düzey desenler ve karakter-tabanlı genomik veriçerçevelerine uygulanması
11. hafta: Programlama ortamında biyoinformatik algoritmalar için web arayüzü geliştirme : Giriş

Quiz, Ödev
12. hafta: Programlama ortamında biyoinformatik algoritmalar için web arayüzü geliştirme : İleri özellikler
13. hafta: Transkriptomik ve genomik verinin görselleştirilmesi ve istatistiksel analizi için web arayüzü tasarlama

Web arayüzü tasarlama paketlerinin biyoinformatik uygulamalarını konu alan bilimsel makalelerin incelenmesi

Ödev
14. hafta: Büyük omik verilerini işlemek için programlama kodlarını hızlandırma: profilleme ve hafıza kullanımını iyileştirme, paralelleştirme

Quiz
15. hafta*: -
16. hafta*: Final Sınavı
Ders kitapları ve materyaller: 1. D. Maclean, "R Bioinformatics Cookbook", Packt Publishing, 2019
2. R.A. Irizzary, "Introduction to Data Science: Data Analysis and Prediction Algorithms with R", Chapman & Hall, 2019
Önerilen kaynaklar: 3. R. Gentleman, "R Programming for Bioinformatics", Chapman & Hall, 2008
  * 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.
Değerlendirme Yukarı
Değerlendirme tipi Hafta numarası Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler): 8 20
Dönem içi diğer çalışmalar: - 0
Proje: - 0
Ödev: 2,5,8,11,13 40
Kısa sınav (Quiz): 4,7,11,14 15
Final sınavı: 16 25
  Toplam ağırlık:
(%)
   İş yükü Yukarı
Etkinlik Süre (Haftalık saat) Toplam hafta sayısı Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme): 3 14
Ders dışı bireysel çalışma: 2 14
Uygulama, Rehberli problem çözme: 0 0
Ödev: 6 5
Dönem projesi: 0 0
Dönem projesi sunumu: 0 0
Kısa sınav (Quiz): 1 4
Ara sınav için bireysel çalışma: 9 1
Ara sınav (Vize): 2 1
Final sınavı için bireysel çalışma: 10 1
Final sınavı: 3 1
    Toplam işyükü:
    Toplam AKTS kredisi:
*
  * AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)
-->