• Temel bilgiler
• Öğrenme çıktıları
• İçerik
• Değerlendirme
• İş yükü

Öğrenme çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

1. Biyolojik veri tabanlarından ihtiyaç duyulan bilgileri edinebilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Endüstriyel ve bilimsel anlamda güncel biyomühendislik uygulamalarının öğrenilmesi
   2. Yeni uygulama metotların geliştirilmesini sağlayan araştırma metotlarının öğrenilmesi
   3. Matematiksel analiz ve modelleme metodlarını biyomühendislik tasarım ve üretim süreçlerine uygulayabilme yetisi
   4. Sağlık ve tarım gibi sektörlerde biyomühendislik uygulamalarını yürütme ve geliştirme becerisi
   5. Biyomühendislik problemleri için süreç tasarlama, veri toplama ve sonuçları analiz edip yorumlama becerisi

   Değerlendirme Tipi

   1. Ödev
   2. Dönem projesi
2. Biyolojik dizi ve yapı analizinde kullanılan yöntemleri tanımlayabilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyomühendislik uygulamalarına temel oluşturan biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların öğrenilmesi
   2. Endüstriyel ve bilimsel anlamda güncel biyomühendislik uygulamalarının öğrenilmesi

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
3. Dizi hizalama algoritmalarını kullanarak biyolojik diziler arasındaki benzerlikleri tespit edebilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Endüstriyel ve bilimsel anlamda güncel biyomühendislik uygulamalarının öğrenilmesi
   2. Yeni uygulama metotların geliştirilmesini sağlayan araştırma metotlarının öğrenilmesi
   3. Biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların topluma faydalı olacak yeni uygulamalara dönüştürme becerisi
   4. Matematiksel analiz ve modelleme metodlarını biyomühendislik tasarım ve üretim süreçlerine uygulayabilme yetisi
   5. Sağlık ve tarım gibi sektörlerde biyomühendislik uygulamalarını yürütme ve geliştirme becerisi
   6. Biyomühendislik problemleri için süreç tasarlama, veri toplama ve sonuçları analiz edip yorumlama becerisi

   Değerlendirme Tipi

   1. Ödev
   2. Dönem projesi
4. Homolog proteinlerin tespitinde kullanılan veritabanı tarama algoritmalarını tanımlayabilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyomühendislik uygulamalarına temel oluşturan biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların öğrenilmesi
   2. Endüstriyel ve bilimsel anlamda güncel biyomühendislik uygulamalarının öğrenilmesi

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
5. Küçük moleküller ve hedef proteinleri arasındaki etkileşimleri belirlemek için moleküler kenetlenme simülasyonları gerçekleştirebilir

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyolojik, kimyasal, fiziksel ve matematiksel prensip ve olguların topluma faydalı olacak yeni uygulamalara dönüştürme becerisi
   2. Matematiksel analiz ve modelleme metodlarını biyomühendislik tasarım ve üretim süreçlerine uygulayabilme yetisi
   3. Sağlık ve tarım gibi sektörlerde biyomühendislik uygulamalarını yürütme ve geliştirme becerisi
   4. Biyomühendislik problemleri için süreç tasarlama, veri toplama ve sonuçları analiz edip yorumlama becerisi
   5. Farklı disiplinlerden edinilen bilgilerin uygulamalarda etkin olarak bütünleştirilebilmesi
   6. Disiplinlerarası etkileşim gerektiren araştırma takımlarında etkinlik göstermek
   7. Hızla değişen teknolojik çevreye adapte olabilmek için bilgi ve yetilerini sürekli geliştirmek
   8. Literatürün takip edilmesi, teknik projelerin sunulması ve makale yazımı için akıcı bir İngilizce sergilemek

   Değerlendirme Tipi

   1. Ödev
   2. Dönem projesi

İçerik
1. hafta:	Moleküler Biyoloji ve Biyoinformatiğe Giriş: DNA, RNA ve Protein Sentezi
2. hafta:	Yaşam Bilimlerinde Bilimsel Yayınlar ve Arşivler
3. hafta:	Biyolojik Veritabanları
4. hafta:	Global İkili Dizi Hizalama: Needleman-Wunsch Algoritması
5. hafta:	Yerel İkili Dizi Hizalama: Smith-Waterman Algoritması
6. hafta:	Çoklu Dizi Hizalama Yöntemleri
7. hafta:	Moleküler Evrim ve Filogenetik Ağaçlar
8. hafta:	Homolog Proteinlerin Tespiti: BLAST ve FASTA algoritmaları
9. hafta:	Proteinlerin Yapı ve İşlevleri
10. hafta:	Yapısal Biyoinformatik
11. hafta:	Protein Yapı Tahmini
12. hafta:	Protein-ligand Etkileşimleri ve Moleküler Yanaştırma
13. hafta:	Protein Dinamiği
14. hafta:	Proje sunumları
15. hafta*:	-
16. hafta*:	Final Sınavı
Ders kitapları ve materyaller:	Bioinformatics and Functional Genomics (3rd ed.). J. Pevsner. Wiley-Blackwell, 2015. Understanding Bioinformatics. M. Zvelebil, J. Baum. Garland Science. 2007. Bioinformatics (4th ed.). Baxevanis, A. D., Bader, G. D., & Wishart, D. S. (Eds.). Wiley. 2020. Introduction to Bioinformatics (5th Ed.). A. Lesk. OUP. 2019
Önerilen kaynaklar:	Bioinformatics: An Introduction (3rd ed.). J. Ramsden. Springer. 2015.
	* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.

Değerlendirme
Değerlendirme tipi	Hafta numarası	Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler):		0
Dönem içi diğer çalışmalar:		0
Proje:	14	30
Ödev:	4, 7, 12	30
Kısa sınav (Quiz):		0
Final sınavı:	16	40
	Toplam ağırlık:	(%)

İş yükü
Etkinlik	Süre (Haftalık saat)	Toplam hafta sayısı	Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme):	3	14
Ders dışı bireysel çalışma:	3	13
Uygulama, Rehberli problem çözme:	0	0
Ödev:	4	3
Dönem projesi:	4	5
Dönem projesi sunumu:	1	1
Kısa sınav (Quiz):	0	0
Ara sınav için bireysel çalışma:	0	0
Ara sınav (Vize):	0	0
Final sınavı için bireysel çalışma:	4	2
Final sınavı:	3	1
		Toplam işyükü:
		Toplam AKTS kredisi:	*
	* AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)