• Temel bilgiler
• Öğrenme çıktıları
• İçerik
• Değerlendirme
• İş yükü

Öğrenme çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

1. Protein ve DNA dizilerini karşılaştırabilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyomühendislik ve biyoteknoloji alanlarındaki bilgilerini lisans yeterliliklerine dayalı uzmanlık düzeyinde geliştirebilme
   2. Biyomühendislik alanındaki mühendislik problemlerini daha üst düzeyde tanımlayabilme, modelleme ve çözme becerisi
   3. Biyomühendislik ve biyoteknoloji alanında bir problem için deney oluşturabilme, çözüm yöntemi geliştirebilme, çözebilme, sonuçları değerlendirebilme ve sentez becerisine sahip olabilme

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
2. Biyolojik verileri içeren veritabanlarını biyomühendislik uygulamaları için kullanabilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. İleri mühendislik uygulamaları için güncel teknikleri ve hesaplama araçlarını kullanma becerisi
   2. Biyomühendislik alanında uzmanlık gerektiren problemleri bilimsel araştırma yöntemlerini kullanarak çözebilme

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
3. Protein yapılarının tahminini gerçekleştirebilmek

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Biyomühendislik alanındaki mühendislik problemlerini daha üst düzeyde tanımlayabilme, modelleme ve çözme becerisi
   2. İleri mühendislik uygulamaları için güncel teknikleri ve hesaplama araçlarını kullanma becerisi
   3. Biyomühendislik alanında uzmanlık gerektiren problemleri bilimsel araştırma yöntemlerini kullanarak çözebilme

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev

İçerik
1. hafta:	Biyoinformatik için temel moleküler biyoloji: gen ve protein ifadesi, hücre metabolizması ve yapısı
2. hafta:	Birincil biyolojik veritabanları
3. hafta:	İkincil biyolojik veritabanları Ödev 1
4. hafta:	İkili dizi karşılaştırmaları: Skorlama matrisleri, global ve yerel dizi eşleştirme
5. hafta:	Global ikili dizi eşleştirme Ödev 2
6. hafta:	Yerel ikili dizi eşleştirme
7. hafta:	Yerel ikili dizi karşılaştırma yoluyla biyolojik veritabanlarında homolog proteinlerin belirlenmesi Ödev 3
8. hafta:	Çoklu dizi karşılaştırma ve dizi korunurluk profilleri
9. hafta:	Proteinlerde dizi, yapı ve işlev ilişkileri
10. hafta:	Protein yapı analizleri ve yapısal biyoinformatik
11. hafta:	Hesaplamalı protein tasarımı Ödev 4
12. hafta:	Yapı-destekli ilaç keşfi
13. hafta:	Protein dinamiği
14. hafta:	İri-taneli ve atomistik protein dinamiği simülasyonları Ödev 5
15. hafta*:	-
16. hafta*:	Final sınavı
Ders kitapları ve materyaller:	P. Selzer, RJ. Malhöfer, O. Koch, "Applied Bioinformatics", Springer Cham., 2nd Ed., 2018
Önerilen kaynaklar:	J. Pevsner, "Bioinformatics and Functional Genomics", 3rd Ed., 2015
	* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.

Değerlendirme
Değerlendirme tipi	Hafta numarası	Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler):		0
Dönem içi diğer çalışmalar:		0
Proje:		0
Ödev:	3, 5, 7, 11, 14	50
Kısa sınav (Quiz):		0
Final sınavı:	16	50
	Toplam ağırlık:	(%)

İş yükü
Etkinlik	Süre (Haftalık saat)	Toplam hafta sayısı	Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme):	3	15
Ders dışı bireysel çalışma:	6	15
Uygulama, Rehberli problem çözme:	0	0
Ödev:	6	5
Dönem projesi:	0	0
Dönem projesi sunumu:	0	0
Kısa sınav (Quiz):	0	0
Ara sınav için bireysel çalışma:	0	0
Ara sınav (Vize):	0	0
Final sınavı için bireysel çalışma:	3	6
Final sınavı:	3	1
		Toplam işyükü:
		Toplam AKTS kredisi:	*
	* AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)