ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE

Ders Bilgi Formu ( MBG 311 )


   Temel bilgiler
Ders adı: Biyoinformatiğe Giriş
Ders kodu: MBG 311
Öğretim üyesi: Dr. Öğr. Üyesi Saliha İŞSEVER ÖZTÜRK
AKTS kredisi: 7
GTÜ kredisi: 5 (3+4+0)
Yılı, Dönemi: 3, Güz
Dersin düzeyi: Lisans
Dersin tipi: Alan seçmeli
Öğretim dili: İngilizce
Öğretim şekli: Yüz yüze , Laboratuvar çalışması
Ön koşullar: Yok
Staj durumu: Yok
Dersin amacı: Bu derste öğrencilerin biyoinformatik disiplini ile tanışmaları amaçlanmaktadır. Biyolojik verinin depolandığı veritabanları ile diğer biyolojik bilgi kaynaklarını tanıtmak, bu kaynaklardaki veriye erişmek, elde edilecek verinin analizi için kullanılabilecek güncel biyoinformatik yöntem ve araçları ve bu yöntemlerin ardında yatan temel prensipleri öğretmek bu dersin hedefleri arasındadır.
   Öğrenme çıktıları Yukarı

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

  1. Biyoinformatik alanının tanımı, kapsamı ve tarihçesi hakkında bilgi sahibi olur.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Bilimsel düşüncenin tarihçesini ve doğasını kavramak ve alanındaki problemlere uygulayabilme.

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
  2. Çeşitli biyolojik veritabanları hakkında bilgi sahibi olur ve bu veritabanlarını tarayarak biyolojik veriye erişebilir.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Bireysel olarak çalışabilmek, bağımsız karar alabilmek ve farklı disiplinleri de içeren grup çalışmalarına etkin olarak katılabilme.
    2. Sürekli öğrenme bilinciyle bilimsel ve teknolojik yenilikleri takip ederek alanına uygulayabilme.
    3. Mevcut bilgiyi kullanarak hipotez üretebilmek ve problem çözümüne yönelik deney tasarlayıp yürüterek elde edilen sonuçları yorumlayabilme.

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
    3. Seminer/sunum
  3. İkili ve çoklu dizi hizalama algoritmaları ve skor matrikslerini tanır.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Mevcut bilgiyi kullanarak hipotez üretebilmek ve problem çözümüne yönelik deney tasarlayıp yürüterek elde edilen sonuçları yorumlayabilme.

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  4. Benzerlik taramaları yapabilir ve sonuçlarını yorumlayabilir.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Bireysel olarak çalışabilmek, bağımsız karar alabilmek ve farklı disiplinleri de içeren grup çalışmalarına etkin olarak katılabilme.
    2. Mevcut bilgiyi kullanarak hipotez üretebilmek ve problem çözümüne yönelik deney tasarlayıp yürüterek elde edilen sonuçları yorumlayabilme.

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  5. Restriksiyon analizleri yapabilir.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Bireysel olarak çalışabilmek, bağımsız karar alabilmek ve farklı disiplinleri de içeren grup çalışmalarına etkin olarak katılabilme.
    2. Mevcut bilgiyi kullanarak hipotez üretebilmek ve problem çözümüne yönelik deney tasarlayıp yürüterek elde edilen sonuçları yorumlayabilme.

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  6. Birincil ve ikincil protein veritabanlarını (protein dizi, domain/aile ve yapı veritabanları) tanır ve tarayabilir.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Bireysel olarak çalışabilmek, bağımsız karar alabilmek ve farklı disiplinleri de içeren grup çalışmalarına etkin olarak katılabilme.
    2. Mevcut bilgiyi kullanarak hipotez üretebilmek ve problem çözümüne yönelik deney tasarlayıp yürüterek elde edilen sonuçları yorumlayabilme.

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  7. Proteinlerin fiziko-kimyasal özelliklerini ve translasyon sonrası modifikasyonlarını belirleyebilir.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Bireysel olarak çalışabilmek, bağımsız karar alabilmek ve farklı disiplinleri de içeren grup çalışmalarına etkin olarak katılabilme.
    2. Mevcut bilgiyi kullanarak hipotez üretebilmek ve problem çözümüne yönelik deney tasarlayıp yürüterek elde edilen sonuçları yorumlayabilme.

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
   İçerik Yukarı
1. hafta: Dersle ilgili Genel Bilgiler
Biyoinformatiğin Tanımı, Kapsamı ve Tarihçesi
2. hafta: Önemli Biyoinformatik Merkezlerinin İncelenmesi: NCBI, EBI, SIB
3. hafta: Biyolojik Veritabanları
Dizilerin Toplanması ve Depolanması: Dizilerin Veritabanlarına Sunulması; Dizi Formatları
4. hafta: Bilgiye Erişim: Entrez Tarama ve Bilgi Alma Sistemi
5. hafta: Dizi Karşılaştırma Yöntemleri I: İkili Dizi Hizalamaları
Dotplot Uygulamaları
6. hafta: Dizi Karşılaştırma Yöntemleri II: Veritabanı Benzerlik Taramaları
BLAST / FASTA Uygulamaları
7. hafta: Dizi Karşılaştırma Yöntemleri III: Çoklu Dizi Hizalamaları
CLUSTAL W, Jalview, LOGO Uygulamaları
8. hafta: Proteinlerin Sınıflandırılması ve İkincil Veritabanlarının Taranması I: PROSITE, INTERPRO
9. hafta: Ara Sınav

Sınavın Değerlendirilmesi ve Soru Çözümü
10. hafta: Proteinlerin Sınıflandırılması ve İkincil Veritabanlarının Taranması II: CATH, SCOP, PDB

Ödev
11. hafta: Protein Analizleri ve Proteomiks: EXPASY
12. hafta: Restriksiyon Analizleri: REBASE
13. hafta: Primer Tasarımı
14. hafta: Öğrenci Sunumları
15. hafta*: -
16. hafta*: Dönem Sonu Sınavı
Ders kitapları ve materyaller:
Önerilen kaynaklar: 1. Lesk, A. M., (2014), "Introduction to Bioinformatics", 3rd Ed., Oxford University Press.
2. Xiong, J, (2006), "Essential Bioinformatics", Cambridge University Press.
3. Mount, D. W., (2004), "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis", 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press.
4. Krawetz, S. A., Womble, D. D.,(2003), "Introduction to Bioinformatics: a Theoretical and Practical Approach. Humana Press.
5. Orengo, C. A., Jones, D. T., Thornton, J. M., (2003), "Bioinformatics: Genes, Proteins and Computers", Garland Science/BIOS Scientific Publishers.
  * 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.
Değerlendirme Yukarı
Değerlendirme tipi Hafta numarası Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler): 9 30
Dönem içi diğer çalışmalar: 0
Proje: 12 15
Ödev: 10 15
Kısa sınav (Quiz): 0
Final sınavı: 16 40
  Toplam ağırlık:
(%)
   İş yükü Yukarı
Etkinlik Süre (Haftalık saat) Toplam hafta sayısı Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme): 3 14
Ders dışı bireysel çalışma: 2 14
Uygulama, Rehberli problem çözme: 4 14
Ödev: 10 1
Dönem projesi: 5 3
Dönem projesi sunumu: 1 1
Kısa sınav (Quiz): 0 0
Ara sınav için bireysel çalışma: 10 1
Ara sınav (Vize): 2 1
Final sınavı için bireysel çalışma: 15 1
Final sınavı: 2 1
    Toplam işyükü:
    Toplam AKTS kredisi:
*
  * AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)
-->