• Temel bilgiler
• Öğrenme çıktıları
• İçerik
• Değerlendirme
• İş yükü

Öğrenme çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

1. Biyolojik veritabanlarını tanır.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
2. Birincil ve ikincil protein veritabanlarını ayrımsar.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
3. Veritabanları tarayarak biyolojik veriye erişebilir.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
   2. Disiplinlerarası etkileşim bulunan araştırma takımlarında etkin şekilde çalışmak
   3. Tez çalışmaları için gerekli yeni araçların ve/veya yazılımların temel prensip ve uygulamalarını anlamak

   Değerlendirme Tipi

   1. Ödev
   2. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
4. İkili ve çoklu dizi hizalama algoritmaları ve skor matrikslerini tanır.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
   2. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
   3. Tez çalışmaları için gerekli yeni araçların ve/veya yazılımların temel prensip ve uygulamalarını anlamak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
5. Benzerlik taramaları yapabilir ve sonuçlarını yorumlayabilir.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
   2. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
   3. Dönem projesi
6. Proteinlerin yapısı hakkında temel bilgiye sahip olur.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. Hücre ve organizmalarda yapı-fonksiyon ilişkisini tanımlamak
   2. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak

   Değerlendirme Tipi

   1. Yazılı sınav
   2. Ödev
   3. Dönem projesi
7. Proteinlerin ikincil yapılarını öngörebilir.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
   2. Hücre ve organizmalarda yapı-fonksiyon ilişkisini tanımlamak

   Değerlendirme Tipi

   1. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
   2. Dönem projesi
8. Proteinlerin üç boyutlu yapılarını görüntüleyebilir.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
   2. Hücre ve organizmalarda yapı-fonksiyon ilişkisini tanımlamak
   3. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak

   Değerlendirme Tipi

   1. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
9. Protein tanılama ve analiz araçlarını kullanabilir.

   Program Çıktılarına Katkıları

   1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
   2. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak

   Değerlendirme Tipi

   1. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
   2. Dönem projesi
10. Proteinlerin fizikokimyasal özelliklerini ve translasyon sonrası modifikasyonlarını belirleyebilir.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
    2. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak

    Değerlendirme Tipi

    1. Ödev
    2. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
11. Proteinlerin işlevlerini ve yapılarını öngörebilir.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
    2. Hücre ve organizmalarda yapı-fonksiyon ilişkisini tanımlamak
    3. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak

    Değerlendirme Tipi

    1. Ödev
    2. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
    3. Dönem projesi

İçerik
1. hafta:	Dersle ilgili genel bilgiler Giriş: Biyolojik veritabanları, biyoinformatik kaynakları ve bilgiye erişim
2. hafta:	Dizi karşılaştırma yöntemleri: İkili dizi karşılaştırma algoritmaları, veritabanı benzerlik taramaları, amino asit rezidülerinin korunmuşluğu ve skor matriksleri
3. hafta:	Çoklu dizi hizalamaları ve filogenetik ağaçlar
4. hafta:	Protein aileleri, motifler, paternler; İkincil protein veritabanlarının taranması; patern, motif tarama
5. hafta:	Protein dizi veritabanları: SwissProt/TrEMBL veritabanının detaylı çalışılması; diğer dizi veritabanları Protein domain/aile veritabanları: ProDom ve DOMO veritabanlarının detaylı çalışılması
6. hafta:	Protein domain/aile veritabanları: PROSITE ve INTERPRO veritabanlarının detaylı çalışılması Protein yapılarını depolayan veritabanları: PDB, MMDB, Swiss-3DIMAGE, vb.; özelleşmiş protein veritabanları Ödev 1
7. hafta:	Proteinlerin sınıflandırılması ve ikincil yapılarının belirlenmesi
8. hafta:	Ara sınav Sınavın değerlendirilmesi ve soru çözümü
9. hafta:	Proteinlerin ikincil yapılarına göre sınıflandırılması: CATH, SCOP
10. hafta:	Proteinlerin 3D (üç boyutlu) yapılarının görüntülenmesi
11. hafta:	Proteinlerin üç boyutlu yapılarının belirlenmesi
12. hafta:	Protein tanılama ve analiz araçları: EXPASY sunucusu Ödev 2
13. hafta:	Gen ve promotor belirlenmesi
14. hafta:	Öğrenci projelerinin sunumu
15. hafta*:	Genel değerlendirme
16. hafta*:	Dönem sonu sınavı
Ders kitapları ve materyaller:
Önerilen kaynaklar:	1. Essential Bioinformatics. Xiong, J. Cambridge University Press, 2006. 2. Introduction to Bioinformatics. Lesk, A.M. (ed.). Oxford University Press, 2002. 3. Introduction to Bioinformatics: a Theoretical and Practical Approach. Krawetz, S.A. and Womble, D.D. (ed.). Humana Press, Totowa, New Jersey, 2003. 4. Bioinformatics: Genes, Proteins and Computers, Orengo, C.A., Jones, D.T. and Thornton, J.M. Garland Science/BIOS Scientific Publishers, New York, 2003. 5. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Mount, D.W. Cold Spring Harbor Laboratory Press; Cold Spring Harbor, USA, 2004. 6. Structural Bioinformatics. Bourne, P.E. and Weissig, H. John Wiley, 2003. 7. Introduction to Protein Architecture: The Structural Biology of Proteins. Lesk, A. M. Oxford University Press, 2001. 8. Introduction to Protein Structure. Branden, C. and Tooze, J. Garland Pub., New York, 1999.
	* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.

Değerlendirme
Değerlendirme tipi	Hafta numarası	Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler):	8	30
Dönem içi diğer çalışmalar:	0	0
Proje:	14	10
Ödev:	6, 12	10
Kısa sınav (Quiz):		0
Final sınavı:	16	50
	Toplam ağırlık:	(%)

İş yükü
Etkinlik	Süre (Haftalık saat)	Toplam hafta sayısı	Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme):	3	8
Ders dışı bireysel çalışma:	3	14
Uygulama, Rehberli problem çözme:	3	6
Ödev:	6	2
Dönem projesi:	6	4
Dönem projesi sunumu:	1	1
Kısa sınav (Quiz):	0	0
Ara sınav için bireysel çalışma:	10	2
Ara sınav (Vize):	10	2
Final sınavı için bireysel çalışma:	10	2
Final sınavı:	2	1
		Toplam işyükü:
		Toplam AKTS kredisi:	*
	* AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)