ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE

Ders Bilgi Formu ( MBG 524 )

   Temel bilgiler
Ders adı: Biyolojide Bilgisayar Programlama
Ders kodu: MBG 524
Öğretim üyesi: Dr. Öğr. Üyesi Pınar PİR
AKTS kredisi: 7.5
GTÜ kredisi: 3 (3+0+0)
Yılı, Dönemi: 1/2, Güz
Dersin düzeyi: Yüksek lisans
Dersin tipi: Alan seçmeli
Öğretim dili: İngilizce
Öğretim şekli: Yüz yüze
Ön koşullar: YOK
Staj durumu: Yok
Dersin amacı: Bu ders, biyoinformatik alanında çalışmak isteyen lisansüstü öğrencilerine temel bilgisayar programlama tekniklerinin Python dili üzerinden öğretilmesini hedeflemektedir. Birbirini tamamlayan ders ve laboratuar uygulamalarından oluşur.
   Öğrenme çıktıları Yukarı

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

  1. Biyolojik verilere ait dosyaları Python platformlarında işleyebilmek

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
    2. Disiplinlerarası etkileşim bulunan araştırma takımlarında etkin şekilde çalışmak
    3. Tez çalışmaları için gerekli yeni araçların ve/veya yazılımların temel prensip ve uygulamalarını anlamak

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  2. Python kullanarak biyolojik verilere temel istatistiksel ve optimizasyon-tabanlı analizler uygulayabilmek

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
    2. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
    3. Disiplinlerarası etkileşim bulunan araştırma takımlarında etkin şekilde çalışmak
    4. Tez çalışmaları için gerekli yeni araçların ve/veya yazılımların temel prensip ve uygulamalarını anlamak

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
  3. Farklı yazılımları, programlama arayüzleri aracılığıyla birlikte kullanabilmek

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
    2. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
    3. Tez çalışmaları için gerekli yeni araçların ve/veya yazılımların temel prensip ve uygulamalarını anlamak

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Ödev
   İçerik Yukarı
1. hafta: Bilgisayar programlamaya ve Python diline giriş
2. hafta: String ve List veri türlerinin kullanımı
Ödev1
3. hafta: If - elif - else yapısının kullanımı
4. hafta: While ve For döngülerinin kullanımı
Ödev2
5. hafta: If - elif - else yapılarının döngüler içerisinde kullanımı
6. hafta: Python'da indeksleme teknikleri
Ödev3
Ara sınav I
7. hafta: Python'da diğer veri türleri (dictionary, set, tuple)
8. hafta: Nesne tabanlı programlamanın temelleri
Ödev4
9. hafta: Fonksiyon yazımı ve kullanımı
10. hafta: Modül yazımı ve kullanımı
Ödev5
11. hafta: Dosyalardan veri okunması ve yazılması
Ara Sınav II
12. hafta: Grafik çizimleri
Ödev6
13. hafta: Numpy paketi ve array veri türü
14. hafta: Scipy paketi kullanımı
Ödev7
15. hafta*: Genel tekrar
16. hafta*: Final Sınavı
Ders kitapları ve materyaller: Ders notları, örnek kodlar, Jupyter defterleri.
Lecture notes, sample codes, Jupyter notebooks
Önerilen kaynaklar: Python for Bioinformatics, Sebastian Bassi, 2017, Chapman and Hall/CRC
Ortaöğretim Bilgisayar Bilmi - Kur 1, Yasemin Gülbahar, 2017 - 2018, MEB yayınları
www.python.org
  * 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.
Değerlendirme Yukarı
Değerlendirme tipi Hafta numarası Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler): 6,11 30
Dönem içi diğer çalışmalar: 0
Proje: 0
Ödev: 2,4,6,8,10,12,14 30
Kısa sınav (Quiz): 0
Final sınavı: 16 40
  Toplam ağırlık:
(%)
   İş yükü Yukarı
Etkinlik Süre (Haftalık saat) Toplam hafta sayısı Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme): 2 14
Ders dışı bireysel çalışma: 2 14
Uygulama, Rehberli problem çözme: 2 12
Ödev: 4 7
Dönem projesi: 0 0
Dönem projesi sunumu: 0 0
Kısa sınav (Quiz): 0 0
Ara sınav için bireysel çalışma: 20 2
Ara sınav (Vize): 1 2
Final sınavı için bireysel çalışma: 30 1
Final sınavı: 2 1
    Toplam işyükü:
    Toplam AKTS kredisi:
*
  * AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)
-->