|
|
İçerik
|
|
| 1. hafta: |
Moleküler Deniz Mikrobiyolojisine Giriş. Moleküler Deniz mikrobiyolojisinde kullanılan bazı terim ve tanımları. Deniz bakterileri neden önemli? |
| 2. hafta: |
Okyanuslar. Global okyanus sirkülasyonu.
Vertikal sirkülasyon. Horizonatal sirkülasyon.
Besleyicilerin sirkülasyonu: Nitrojen siklusu, Karbon siklusu, Diğer önemli besleyici siklusları.
Denizler. Deniz ekolojisine giriş: Epipelajik zon, mezopelajik zon, batipelajik, abisal zon, hadal zon.
|
| 3. hafta: |
Biyoluminesans: Biyoluminesans genleri, “Quorum sensing” nedir? Simbiyozis.
Adaptasyon mekanizması olarak biyoluminesans.
Luciferase enzimi.
Psikrofilik bakteriler: Bakterilerin dondurucu soğuğa adaptasyonları, Bakteri membranı stabilitesi,
Protein stabilitesi ve “folding”, “Cold shock” proteinleri,
Nükleik asit yapısında ve topolojisinde değişimler.
|
| 4. hafta: |
Düşük sıcaklıklarda gen regulasyonu, Adaptasyon mekanizması olarak psikrofiliklik. |
| 5. hafta: |
Termofilik bakteriler: Membran stabilitesi, Enzim ve protein stabilitesi, Nükleik asit stabilitesi, Adaptasyon mekanizması olarak termofiliklik. Halofilik bakteriler: Membran lipid kompozisyonu, Osmoz. Kırmızı ve eflatun bakteri membranları. Halotolerant bakteriler. |
| 6. hafta: |
Barofilik bakteriler: Yüksek basınçta yaşam, Yüksek basınçta memran stabilitesi, Yüksek basınçta gen regülasyonu,
Adaptasyon mekanizması olarak barofiliklik.
Deniz bakterilerinin biyoteknolojide kullanım alanları: Ektremofilik enzimler.
Termo/psikrofilik enzimler.
Halofilik proteinler ve membranlar.
|
| 7. hafta: |
Vibrio fischeri bakterisinde biyolüminesans’ın düzenlenmesi.
Euprymna scolopes -Vibrio fischeri simbiyozu: hayvan dokularında bakteri kolonizasyonunun çalışılması için biyomedikal model.
Bakteriyel sinyaller ve antagonistleri. Bakteri ve yüksek organizasyonlu canlılar arasındaki ilişkiler.
|
| 8. hafta: |
Ara sınav |
| 9. hafta: |
Deniz invertebratlarındaki mikrobiyel simbiyontlar: Mikrobiyel biyoteknoloji için fırsatlar. |
| 10. hafta: |
Mikrobiyel gen transferi,
Vibrio parahaemolyticus bakterisinde yüzey indüklenmiş gen ekspresyonu.
Synechococcus’da non-flagellar yüzme.
|
| 11. hafta: |
Deniz ortamlarında petrol biyodegredasyonu.
Deniz Bacillusu sporları tarafından metallerin emilimi ve oksidatif çöktürme için katalistleri
|
| 12. hafta: |
Magnetotaktik bakterilerde magnetozomların oluşumu.
Derin deniz Piezophilic bakterilerde basınca dirençlilik.
Yüksek basınç ve sıcaklığa hipertermofil proteinlerinin adaptasyonu.
|
| 13. hafta: |
Deniz bakterilerinden farmasötikal bileşikler.
Deniz organizmalarından proteinazlar,
Denizel fonksiyonel genomik üzerine çalışmalar,
Deniz ürünlerindeki bakterilerin izolasyonu,
Endüstride önemli olan enzimlerin deniz ürünlerinden eldesi,
Simbiyotik bakteriler tarafından üretilen bileşiklerin üretimi,
Biofouling’i engelleyen maddelerin üretimi,
Mikroalgler ve üretimi,
|
| 14. hafta: |
Denizel fototrofik bakteriler.
Bakterilerden biyolojik hidrojen üretimi.
|
| 15. hafta*: |
Deniz virusları |
| 16. hafta*: |
Final sınavı |
| Ders kitapları ve materyaller: |
course handouts |
| Önerilen kaynaklar: |
1. Marine Microbiology. Ecology & Applications.C.B. Munn. BIOS Scientific Publishers.Taylor & Francis Group. ISBN 1859962696. 2004:282
2. Molecular Marine Microbiology. Publisher: Horizon Scientific Press. Editor: Douglas H. Bartlett UCSD, La Jolla, California. Publication date: February 2000. ISBN: 1-898486-20-4. Pp.: iv + 219.
3. Recent Advances in Marine Biotechnology. Vol. 6: Bio-Organic Compounds: Chemistry and Biomedical Applications. Milton Fingerman and Rachakonda Nagabhushanam: Department of Ecology, Evolution and Organismal Biology, Tulane University, USA. ISBN 1-57808-135-1; 2002; 272 Pages.
4. Marine Biotechnology in the Twenty-First Century: Problems, Promise, and Products. 2002. The National Academies Pres.
5. Marine Biotechnology. 2003. Springer-Verlag New York.
|
|
|
* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.
|
|
