ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE ECTS @ IUE

Ders Bilgi Formu ( MBG 616 )


   Temel bilgiler
Ders adı: Protein Yapı ve İşlevleri
Ders kodu: MBG 616
Öğretim üyesi: Prof. Dr. Ferruh ÖZCAN
AKTS kredisi: 7.5
GTÜ kredisi: 3 (3+0+0)
Yılı, Dönemi: 1, Güz ve Bahar
Dersin düzeyi: Yüksek lisans
Dersin tipi: Alan seçmeli
Öğretim dili: İngilizce
Öğretim şekli: Yüz yüze
Ön koşullar: Yok
Staj durumu: Yok
Dersin amacı: Dersi başarı ile tamamlayan öğrencilerin proteinlerin yapıları ve fonksiyonları arasındaki ilişkileri atomik düzeyde algılamaları ve atomlar arası fiziksel ve fizikokimyasal ilişkileri DeepView gibi programlarla değiştirerek etkilerini proteinin üç boyutlu yapısında görsel ve analitik düzeyde analiz edebilmeleri Proteinlerin yer aldığı tüm biyolojik proseslere atomik düzeyde bakış ve sorunlara çözüm üretme yetilerini artıracaktır. Proteinlerin atomik düzeyde algılanması rasyonel farmakolojik etken madde tasarımı gibi kanserden nörolojik hastalıklara kadar bir çok tıp alanında ihtiyaç duyulan yeni nesil ilaçların geliştirilmesi konusunda çalışmak isteyenler içinde AutoDoc gibi programlarla tanışmaları sayesinde iyi bir ön hazırlığa sahip olacaklardır.
   Öğrenme çıktıları Yukarı

Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:

  1. Proteinlerin yapıları ve fonksiyonları arasındaki ilişkileri moleküler düzeyde ayırt eder.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Hücre ve organizmalarda yapı-fonksiyon ilişkisini tanımlamak

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
  2. Protein yapısına atomik düzeyde bakış ve sorunlara çözüm üretme yetilerini rasyonel farmakolojik etken madde tasarımı gibi yeni alanlara uygular

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
    2. Disiplinlerarası etkileşim bulunan araştırma takımlarında etkin şekilde çalışmak
    3. Tez çalışmaları için gerekli yeni araçların ve/veya yazılımların temel prensip ve uygulamalarını anlamak

    Değerlendirme Tipi

    1. Yazılı sınav
    2. Dönem projesi
  3. Proteinlerin farklı hiyerarşik yapılarını kazanmalarında rol alan yer alan atom ve gruplar arası fiziksel ve kimyasal bağ ve etkileşimlerin analizini, mutasyon amaçlı değiştirilmesini ve görüntülenmesini özel programlar (DeepView) kullanarak sağlar ve bu bilgilerini ileride laboratuar deneylerinin ekonomik ve etkin tasarımı için kullanır.

    Program Çıktılarına Katkıları

    1. İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
    2. Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği

    Değerlendirme Tipi

    1. Ödev
    2. Laboratuvar uygulamaları/sınavları
    3. Dönem projesi
   İçerik Yukarı
1. hafta: Yapısal Genomik ve Proteomiks
2. hafta: Protein üç boyutlu yapıları; X-Ray ve NMR teknikleri
3. hafta: DeepView yazılımının tanıtımı ve proteinlerin üç boyutlu yapılarının görüntülenmesi
4. hafta: Proteinlerin yapı ve mimarileri; Protein katlanması
5. hafta: Proteinlerin hiyaraşik yapıları
6. hafta: Protein işlevlerinin yapısal temelleri.
7. hafta: Vize sınavı
8. hafta: Protein işlevlerinin kontrolü ve düzenleme mekanizmaları.
9. hafta: Anahtar motor proteinler. Proteinlerin yıkımı.
10. hafta: Yapısal ve işlevsel genomiks. Homolojiye dayalı modelleme
11. hafta: Yapısal profile dayalı 3-D modellemesi ve Rosetta.
12. hafta: Ligand bağlama bölgeleri ve katalitik öneme sahip dizileri saptama yöntemleri.
13. hafta: Protein fonksiyonlarının belirlenmesine yönelik teknikler
14. hafta: Protein yapı ve işlev ilişkisini konu alan seçilmiş bir makalenin analiz edilmesi
15. hafta*: Genel tekrar
16. hafta*: Final sınavı
Ders kitapları ve materyaller:
Önerilen kaynaklar: Protein Structure and Fuction, Petsko G, A and Ringe D; Introduction to protein structure, Branden C; Introduction to Protein Architecture, Lesk A, M; Lehninger Principles of Biochemistry,David L. Nelson, Michael M. Cox.
M. Cox
http://structome.org/index.php/Main_Page
http://spdbv.vital-it.ch/
http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm
  * 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.
Değerlendirme Yukarı
Değerlendirme tipi Hafta numarası Ağırlık (%)
Ara sınavlar (Vizeler): 7 30
Dönem içi diğer çalışmalar: 0
Proje: 16 20
Ödev: 9 10
Kısa sınav (Quiz): 3,4,5, 10,11,12, 10
Final sınavı: 16 30
  Toplam ağırlık:
(%)
   İş yükü Yukarı
Etkinlik Süre (Haftalık saat) Toplam hafta sayısı Dönem boyu toplam iş yükü
Dersler (Yüz yüze öğretme): 3 14
Ders dışı bireysel çalışma: 1 14
Uygulama, Rehberli problem çözme: 2 3
Ödev: 10 7
Dönem projesi: 10 2
Dönem projesi sunumu: 1 1
Kısa sınav (Quiz): 1 7
Ara sınav için bireysel çalışma: 10 1
Ara sınav (Vize): 3 1
Final sınavı için bireysel çalışma: 10 1
Final sınavı: 3 1
    Toplam işyükü:
    Toplam AKTS kredisi:
*
  * AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)
-->