Ders Bilgi Formu ( MBG 616 )
|
Temel bilgiler
|
|
Ders adı: |
Protein Yapı ve İşlevleri |
Ders kodu: |
MBG 616 |
Öğretim üyesi: |
Prof. Dr. Ferruh ÖZCAN
|
AKTS kredisi: |
7.5 |
GTÜ kredisi: |
3 (3+0+0) |
Yılı, Dönemi: |
1, Güz ve Bahar |
Dersin düzeyi: |
Yüksek lisans |
Dersin tipi: |
Alan seçmeli
|
Öğretim dili: |
İngilizce
|
Öğretim şekli: |
Yüz yüze
|
Ön koşullar: |
Yok |
Staj durumu: |
Yok |
Dersin amacı: |
Dersi başarı ile tamamlayan öğrencilerin proteinlerin yapıları ve fonksiyonları arasındaki ilişkileri atomik düzeyde algılamaları ve atomlar arası fiziksel ve fizikokimyasal ilişkileri DeepView gibi programlarla değiştirerek etkilerini proteinin üç boyutlu yapısında görsel ve analitik düzeyde analiz edebilmeleri Proteinlerin yer aldığı tüm biyolojik proseslere atomik düzeyde bakış ve sorunlara çözüm üretme yetilerini artıracaktır. Proteinlerin atomik düzeyde algılanması rasyonel farmakolojik etken madde tasarımı gibi kanserden nörolojik hastalıklara kadar bir çok tıp alanında ihtiyaç duyulan yeni nesil ilaçların geliştirilmesi konusunda çalışmak isteyenler içinde AutoDoc gibi programlarla tanışmaları sayesinde iyi bir ön hazırlığa sahip olacaklardır. |
|
|
|
Öğrenme çıktıları
|
|
Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, şu yetilere sahip olurlar:
-
Proteinlerin yapıları ve fonksiyonları arasındaki ilişkileri moleküler düzeyde ayırt eder.
Program Çıktılarına Katkıları
-
Hücre ve organizmalarda yapı-fonksiyon ilişkisini tanımlamak
Değerlendirme Tipi
-
Yazılı sınav
-
Protein yapısına atomik düzeyde bakış ve sorunlara çözüm üretme yetilerini rasyonel farmakolojik etken madde tasarımı gibi yeni alanlara uygular
Program Çıktılarına Katkıları
-
Bilimsel bilgiye ulaşmak ve bağımsız çalışmak
-
Disiplinlerarası etkileşim bulunan araştırma takımlarında etkin şekilde çalışmak
-
Tez çalışmaları için gerekli yeni araçların ve/veya yazılımların temel prensip ve uygulamalarını anlamak
Değerlendirme Tipi
-
Yazılı sınav
-
Dönem projesi
-
Proteinlerin farklı hiyerarşik yapılarını kazanmalarında rol alan yer alan atom ve gruplar arası fiziksel ve kimyasal bağ ve etkileşimlerin analizini, mutasyon amaçlı değiştirilmesini ve görüntülenmesini özel programlar (DeepView) kullanarak sağlar ve bu bilgilerini ileride laboratuar deneylerinin ekonomik ve etkin tasarımı için kullanır.
Program Çıktılarına Katkıları
-
İleri düzey Biyoloji kavramlarını tanımlamak ve uygulamak
-
Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği
Değerlendirme Tipi
-
Ödev
-
Laboratuvar uygulamaları/sınavları
-
Dönem projesi
|
|
İçerik
|
|
1. hafta: |
Yapısal Genomik ve Proteomiks |
2. hafta: |
Protein üç boyutlu yapıları; X-Ray ve NMR teknikleri |
3. hafta: |
DeepView yazılımının tanıtımı ve proteinlerin üç boyutlu yapılarının görüntülenmesi |
4. hafta: |
Proteinlerin yapı ve mimarileri; Protein katlanması |
5. hafta: |
Proteinlerin hiyaraşik yapıları |
6. hafta: |
Protein işlevlerinin yapısal temelleri. |
7. hafta: |
Vize sınavı |
8. hafta: |
Protein işlevlerinin kontrolü ve düzenleme mekanizmaları. |
9. hafta: |
Anahtar motor proteinler. Proteinlerin yıkımı. |
10. hafta: |
Yapısal ve işlevsel genomiks. Homolojiye dayalı modelleme |
11. hafta: |
Yapısal profile dayalı 3-D modellemesi ve Rosetta. |
12. hafta: |
Ligand bağlama bölgeleri ve katalitik öneme sahip dizileri saptama yöntemleri. |
13. hafta: |
Protein fonksiyonlarının belirlenmesine yönelik teknikler |
14. hafta: |
Protein yapı ve işlev ilişkisini konu alan seçilmiş bir makalenin analiz edilmesi |
15. hafta*: |
Genel tekrar |
16. hafta*: |
Final sınavı |
Ders kitapları ve materyaller: |
|
Önerilen kaynaklar: |
Protein Structure and Fuction, Petsko G, A and Ringe D; Introduction to protein structure, Branden C; Introduction to Protein Architecture, Lesk A, M; Lehninger Principles of Biochemistry,David L. Nelson, Michael M. Cox. M. Cox http://structome.org/index.php/Main_Page http://spdbv.vital-it.ch/ http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm |
|
* 15. ve 16. haftalar arası final sınavına hazırlık haftası bulunmaktadır.
|
|
|
|
Değerlendirme
|
|
|
Değerlendirme tipi |
Hafta numarası |
Ağırlık (%) |
|
Ara sınavlar (Vizeler): |
7 |
30 |
Dönem içi diğer çalışmalar: |
|
0 |
Proje: |
16 |
20 |
Ödev: |
9 |
10 |
Kısa sınav (Quiz): |
3,4,5, 10,11,12, |
10 |
Final sınavı: |
16 |
30 |
|
Toplam ağırlık: |
(%) |
|
|
|
İş yükü
|
|
|
Etkinlik |
Süre (Haftalık saat) |
Toplam hafta sayısı |
Dönem boyu toplam iş yükü |
|
Dersler (Yüz yüze öğretme): |
3 |
14 |
|
Ders dışı bireysel çalışma: |
1 |
14 |
|
Uygulama, Rehberli problem çözme: |
2 |
3 |
|
Ödev: |
10 |
7 |
|
Dönem projesi: |
10 |
2 |
|
Dönem projesi sunumu: |
1 |
1 |
|
Kısa sınav (Quiz): |
1 |
7 |
|
Ara sınav için bireysel çalışma: |
10 |
1 |
|
Ara sınav (Vize): |
3 |
1 |
|
Final sınavı için bireysel çalışma: |
10 |
1 |
|
Final sınavı: |
3 |
1 |
|
|
|
Toplam işyükü: |
|
|
|
Toplam AKTS kredisi: |
* |
|
* AKTS kredisi, toplam iş yükünün 25'e bölümüdür. (1 AKTS = 25 saatlik iş yükü)
|
|
|
-->